Sprawa dotyczyła spółki z o.o., która została wykreślona z rejestru podatników VAT. Gdy została o tym zawiadomiona postanowiła zareagować. W skardze na czynność wykreślenia wniosła o stwierdzenie jej bezskuteczności.
Nie kwestionowała, że na podstawie ustawy o VAT możliwa jest ingerencja organów podatkowych w rejestr podatników, polegająca na usunięciu z niego. Podstawą prawną dla takiego działania jest art. 96 ust. 9a pkt 3 ustawy o VAT. A dotyczy to podatników, który składa przez sześć kolejnych miesięcy lub przez dwa kolejne kwartały deklaracje, w których nie wykazał sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia. Jednak jak podkreślił spółka sankcja ta nie ma zastosowania, w przypadku gdy niewykazanie sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia wynika, ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej.Przekonywała, że jej wykreślenie nie jest czynnością materialno-techniczną i powinno nastąpić w formie decyzji administracyjnej.