Rozporządzenie wykonawcze określa etapy badania przez organ podatkowy oceny zgodności warunków ustalonych przez podmioty powiązane w związku z reorganizacją z warunkami, jakie ustaliłyby między sobą podmioty niepowiązane. Powinien on dociekać, jakie były przyczyny gospodarcze przeprowadzonej restrukturyzacji, jak również jakich można było oczekiwać w jej wyniku korzyści, w szczególności czy spodziewany był efekt synergii. Ma to pozwolić rozstrzygnąć o prawidłowości przypisania korzyści z tytułu efektu synergii, jeśli wystąpiły. Zweryfikuje zatem czy rzeczywiście przeprowadzona zmiana była najwłaściwszą z możliwych, uzasadnioną opcją, czy może racjonalnie działający podmiot wybrałby alternatywny scenariusz. Wymagane jest porównanie stanu sprzed i po reorganizacji, identyfikacja rzeczywistych transakcji (faktycznego postępowania stron), jakie składają się na ten proces i ocena ich skutków podatkowych. Kontrolujący powinien zbadać aktywności realizowane przez podmioty po przeprowadzeniu procesu zmian (w tym jakie angażują aktywa i podejmują ryzyka). W wyniku tego powinien upewnić się, czy jednostka w grupie, której w wyniku zmian przyznano określone zadania, jest rzeczywiście zdolna do ich wykonania (dysponuje odpowiednią infrastrukturą, personelem wyposażonym w kompetencje decyzyjne, należycie kontroluje ryzyka, które na siebie przejęła i potencjalnie jest gotowa wziąć na siebie konsekwencje finansowe ich materializacji). Kluczowe jest określenie, w jakim zakresie w rezultacie restrukturyzacji doszło do przeniesienia potencjału do generowania zysku.