Późniejsza realizacja inwestycji także może napotykać pewne trudności z uwagi m.in. na dosyć szerokie możliwości kwestionowania zapadłych wcześniej rozstrzygnięć administracyjnych, w tym stanowiących podstawę do prowadzenia robót budowlanych. Z przedstawionych powyżej względów, w odniesieniu do inwestycji o szczególnym znaczeniu społecznym, utrwaliła się praktyka uchwalania tzw. ustaw specjalnych. Wprowadzają one rozwiązania upraszczające i przyspieszające prace związane z przygotowaniem i prowadzeniem niektórych inwestycji, w tym poprzez usuwanie barier administracyjno-prawnych stanowiących przeszkodę sprawnej ich realizacji. Tytułem przykładu przywołać można ustawę z dnia 10 kwietnia 2003 r. o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg publicznych, ustawę z dnia 7 września 2007 r. o przygotowaniu finałowego turnieju Mistrzostw Europy w Piłce Nożnej UEFA EURO 2012 („Ustawa o Euro"), ustawę z dnia 8 lipca 2010 r. o szczególnych zasadach przygotowania do realizacji inwestycji w zakresie budowli przeciwpowodziowych, czy też ustawę z dnia 10 maja 2018 r. o Centralnym Porcie Komunikacyjnym („Ustawa o CPK"). Można oczywiście spierać się, czy koncepcja wprowadzania do systemu prawnego coraz to nowych ustaw specjalnych jest optymalnym sposobem na usprawnianie procesu inwestycyjnego. Przyjętą praktykę uznać jednakże należy za zasadną, tak długo jak waga określonych przedsięwzięć oraz pilność ich realizacji stanowią usprawiedliwienie dla uchwalania przepisów zwiększających szanse na sprawną ich realizację.
Czytaj także: Każda inwestycja może liczyć na wsparcie
Jedną z przewidzianych w niektórych ustawach specjalnych modyfikacji, w tym w Ustawie o CPK, jest ograniczenie możliwości podważania decyzji będących podstawą realizacji inwestycji. Ustawa o CPK wprowadza m.in. ramy czasowe, w których dopuszczalne jest stwierdzenie nieważności decyzji w przedmiocie ustalenia lokalizacji inwestycji oraz pozwolenia na budowę. Zgodnie z jej przepisami nie stwierdza się nieważności wspomnianych decyzji, jeżeli wniosek o stwierdzenie ich nieważności został złożony po upływie 1 roku od dnia, w którym decyzje stały się ostateczne. Rozwiązanie to w porównaniu do uregulowań wynikających z ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego („k.p.a.") zwiększa szanse na utrzymanie w obrocie prawnym decyzji istotnej dla prowadzenia inwestycji. Przypomnieć bowiem należy, że przepisy k.p.a. wyłączają możliwość stwierdzenia nieważności decyzji dopiero po upływie 10 lat od dnia jej doręczenia lub ogłoszenia, a w niektórych przypadkach w ogóle nie przewidują żadnych ram czasowych, w których organ administracji publicznej może stwierdzić nieważność decyzji. Jako uzasadnienie dla przewidzianego w Ustawie o CPK rozwiązania wskazuje się, że ma ono zapewnić osiągnięcie wyższego dobra w postaci realizacji inwestycji mającej szczególne znaczenie społeczne. Ustawa o Euro również zawiera podobną regulację, która miała zabezpieczać inwestycje budowlane prowadzone w ramach przedsięwzięć Euro 2012 przed zagrożeniem wstrzymania ich realizacji. Przepisy tejże ustawy wyłączają możliwość stwierdzenia nieważności ostatecznej decyzji o pozwoleniu na budowę wydanej w związku z realizacją przedsięwzięcia Euro 2012 jeżeli wniosek o stwierdzenie nieważności tej decyzji został złożony po upływie 14 dni od dnia, w którym decyzja stała się ostateczna, a budowa przedsięwzięcia Euro 2012 została rozpoczęta.
Mając na uwadze cel Ustawy o Euro, zakładać należy, że zawarta w niej regulacja miała ograniczać możliwość stwierdzenia nieważności ostatecznej decyzji zezwalającej na prowadzenie robót budowlanych niezależnie od tego, czy była to decyzja organu pierwszej instancji, czy też decyzja organu drugiej instancji. W praktyce bowiem często na skutek wnoszonych odwołań postępowanie administracyjne kończy się wydaniem decyzji przez organ drugiej instancji.
Należy jednakże zaznaczyć, że Naczelny Sąd Administracyjny („NSA") w orzeczeniach dotyczących przedsięwzięć realizowanych na podstawie Ustawy o Euro stwierdził, że skoro ustawodawca w przepisie posłużył się określeniem „decyzja o pozwoleniu na budowę" a nie określeniem „decyzja w sprawie o pozwolenie na budowę" to oznacza, że obejmuje on tylko decyzję organu pierwszej instancji. Przyjęta przez NSA wykładania może prowadzić do konkluzji, że Ustawa o Euro wyłączała dopuszczalność stwierdzenia nieważności decyzji, ale tylko wydanej przez organ pierwszej instancji. Dobrze więc, że Ustawa o CPK nie powiela dokładnie brzmienia odpowiedniego przepisu Ustawy o Euro, lecz odnosi się do „decyzji", w tym w przedmiocie pozwolenia na budowę. Można zatem twierdzić, że przepisy Ustawy o CPK ograniczają możliwość stwierdzenia nieważności pozwolenia na budowę niezależnie od tego, czy będzie nim ostateczna decyzja organu pierwszej instancji, czy też ostateczna decyzja organu drugiej instancji.