Gdy wojskowa junta przejęła w 1976 roku władzę i wywołała „brudną wojnę", brutalnie mordując przynajmniej 30 tysięcy oponentów, Jorge Bergoglio stał już na czele zakonu jezuitów w Argentynie. Czy wiedział o zbrodniach reżimu, a mimo to milczał? Brak na to dowodów. A może nawet wydał tych braci, którzy byli podejrzani o związki z organizacjami komunistycznymi? Tak twierdzi jeden z najbardziej znanych argentyńskich dziennikarzy śledczych Horatio Verbitsky w książce „El Silencio" („Cisza") poświęconej postawie Kościoła wobec wojskowej dyktatury. Ale sam prymas wielokrotnie temu zaprzeczał.
To, że sama hierarchia kościelna poczuwa się do winy, nie ulega wątpliwości. W 2000 roku konferencja episkopatu Argentyny publicznie przyznała się do zbyt bliskiej współpracy z juntą generała Jorge Rafaela Videla, który dwa tygodnie temu został po raz kolejny skazany na dożywocie.
– Chcemy wyspowiadać się przed Bogiem ze wszystkich złych rzeczy, których dokonaliśmy – napisali przed trzynastu laty argentyńscy hierarchowie.
W latach wojskowej dyktatury (1976–1983) ofiarami brutalnych morderstw padali nie tylko demokratyczni opozycjoniści, ale także ci księża, którzy byli podejrzewani przez juntę o sprzyjanie teologii wyzwolenia. Niedługo po przejęciu władzy przez generałów, brutalnie zamordowano biskupa diecezji La Rioja w Andach Enrique Angelelli. Szczególnie szokująca była praktyka zrzucania z samolotu przeciwników reżimu nad rzeką La Plata. A także przekazywania sierot po zamordowanych tym rodzinom, które były gotowe ofiarować za nie najwięcej pieniędzy.
Mimo tak brutalnych praktyk, hierarchia Kościoła nie zwalczała otwarcie wojskowej dyktatury. A czasem posuwała się do bliskiej z nią współpracy. Szczególnie drastyczny był przypadek ojca Christiana von Wernicha, który wydawał tajnej policji 42 oponentów, a nawet uczestniczył w brutalnym przesłuchaniu niektórych z nich.