Kott fascynował wiedzą, erudycją, miał pogmatwany życiorys. Zasłynął nowym odczytaniem klasyków, przede wszystkim Szekspira. Jego „Szkice o Szekspirze” stały się najpoczytniejszą w świecie książką krytycznoliteracką polskiego intelektualisty. Interpretował elżbietańskiego dramaturga poprzez filozoficzne, egzystencjalne i polityczne doświadczenia XX wieku.
„Już w latach okupacji zacząłem czytać Szekspira poprzez doświadczenie wojny” – pisał. „W tragediach królewskich Szekspira ukazałem Wielki Mechanizm. (...) Król i uzurpator, tyran i jego następca wstępują po schodach historii. Kiedy władca jest już u szczytu, następca wchodzi na te same schody. Władca jest już za swoje zbrodnie znienawidzony. Cała nadzieja jest w następcy. Ale kiedy dojdzie do szczytu, włoży tę samą koronę obarczoną zbrodniami”.
Pochodził ze spolonizowanej rodziny żydowskiej. W latach 30. ub. wieku studiował prawo na Uniwersytecie Warszawskim oraz romanistykę na Sorbonie. Równocześnie związał się z Kołem Socjologii Pozytywnej i Kołem Polonistów UW. Działalność w tym ostatnim, zdominowanym przez marksistę Stefana Żółkiewskiego, miała duże znaczenie w kształtowaniu ówczesnego światopoglądu Kotta. W latach 50. atakował wrogów socjalizmu – od Kościoła katolickiego, zbrojnego podziemia i generała Andersa po „reakcyjnych” twórców: Krasińskiego, Wyspiańskiego, Żeromskiego, Sienkiewicza i Conrada. Pod koniec lat 50. zaczął jednak kontestować rzeczywistość PRL. Wystąpił z PZPR, a potem podpisał List 34 skierowany przeciwko cenzurze.
W 1966 roku wyjechał do USA, gdzie stał się jednym z najbardziej cenionych wykładowców historii literatury. Po wydarzeniach Marca 1968 r. został przez władze PRL pozbawiony tytułu profesora. Do emerytury w 1983 wykładał na Nowojorskim Uniwersytecie Stanowym w Stony Brook. Zmarł w 2001 roku.
W filmie Renaty Czarnkowskiej-Listoś o Janie Kotcie opowiadają m.in.: Erwin Axer, Marta Fik, Jerzy Koenig, Ryszard Matuszewski i Tadeusz