Morderca wszedł wieczorem na cotygodniowe czytanie Biblii. Policjanci prowadzący śledztwo ze zdumieniem odkryli, że 21-letni Dylann Roof prawie godzinę siedział w świątyni wraz ze swoimi przyszłymi ofiarami, nim zaczął do nich strzelać.
Na miejscu zabił osiem osób, jedna zmarła po przewiezieniu do szpitala. Jednym z zabitych był pastor Clementa Pinckney – członek legislatury stanu Karolina Południowa. Jego śmierć i to, że został zabity właśnie w kościele, wywołały największy szok zarówno w Charlestonie, jak i w całym USA. „Wejście do kościoła i strzelanie do modlących się ludzi (...) jest najpodlejszym czynem, jaki w ogóle można sobie wyobrazić" – powiedział szef policji w Charlestonie Greg Mullen.