Bałagan w finansach, marnotrawienie pieniędzy, a także niezałatwiony polsko-niemiecki spór o statut i niewpłacenie przez Polskę 5 mln euro – to główne zarzuty niemieckiej Federalnej Izby Obrachunkowej (odpowiednik NIK) wobec Polsko-Niemieckiej Fundacji na rzecz Nauki. Po kontroli w październiku 2010 r. Izba zaleciła rozwiązanie fundacji do wiosny 2011 r., jeśli nie uda się ściągnąć pieniędzy od Polski.
Fundacja powstała w 2008 r. Wbrew polsko-niemieckim ustaleniom Niemcy sami ją powołali i napisali jej statut. Ten do dziś nie jest zatwierdzony, przez co polsko-niemiecka umowa naukowa (realizowana przez fundację) nie została ratyfikowana. Kością niezgody są zapisy statutu, które nie dają nam prawa weta, jakie przyznali sobie niemieccy partnerzy.
"Rz" jeszcze przed podpisaniem umowy pisała, że Polska wyłoży 5 mln euro na fundację (Niemcy – 50 mln euro), ale nie będzie mieć wpływu na kierunki badań. Co więcej, projekty kontrowersyjne z naszego punktu widzenia miałyby polską autoryzację.
Po naszych artykułach szef MSZ Radosław Sikorski uzależnił ratyfikowanie umowy – a tym samym przekazanie pieniędzy do fundacji – od zmian w statucie zrównujących pozycję strony polskiej z niemiecką.
Przewodnicząca fundacji Rita Süssmuth bagatelizowała sprawę statutu. W 2009 r. mówiła "Rz", że od aspektów prawnych ważniejszy jest sam rozwój współpracy naukowej, a polityczne weto mogłoby wręcz zagrozić wolności badań.