Mimo licznych implementacji orzecznictwa ETS nadal w naszym prawie, zwłaszcza podatkowym, zdarzają się przepisy niezgodne z traktatem Wspólnot Europejskich.
Problem dotyczy przede wszystkim tych kwestii regulowanych dyrektywami, zwłaszcza w VAT.
W kwestii podatków dochodowych Unia pozostawia krajom członkowskim swobodę. Nie oznacza to jednak, że nie muszą się z niczym liczyć. Traktat Wspólnot Europejskich zawiera bowiem katalog zasad ogólnych, które mają zastosowanie do wszystkich. W szczególności chodzi o zakaz dyskryminacji, swobodę przepływu kapitału czy pracowników.
Traktat nie wymaga przepisania jego zasad do prawa krajowego. Obowiązuje wprost i podatnicy mogą się na niego powoływać.
Naruszenie zasad
Polskie regulacje dotyczące podatków dochodowych, choć wprost nie łamią prawa unijnego, zawierają przepisy, które odmiennie traktują podmioty polskie i zagraniczne. Przykładem takiej dyskryminacji jest np. brak możliwości rozliczenia w Polsce straty oddziału (zakładu), który prowadzi działalność w innym niż Polska kraju unijnym, czy zakaz korzystania ze zwolnienia podatkowego przez unijne fundusze emerytalne i inwestycyjne. Ustawodawca rozszerzył je wprawdzie od 1 stycznia 2011 r., ale i tak na unijne fundusze nałożył dodatkowe warunki. Wciąż więc są wątpliwości, czy poprawione przepisy nie stoją w sprzeczności z zasadą swobody przedsiębiorczości.