Ustalając ceny transferowe podatnicy mogą wykorzystywać metody określone wprost w przepisach podatkowych, tj. metodę porównywalnej ceny niekontrolowanej, ceny odprzedaży, koszt plus, marży transakcyjnej netto czy podziału zysku.
Podatnicy nie są jednak zobligowani do zastosowania wyłącznie wymienionych metod podatkowych. W tej kwestii posiadają całkowitą dowolność pod warunkiem, że ceny stosowane w transakcjach wewnątrzgrupowych odpowiadają zasadzie pełnej konkurencji. Dowolności co do wyboru metody nie ma natomiast organ kontrolujący na etapie weryfikacji cen transferowych. Jest on związany wyłącznie metodami podatkowymi.