Stosowanie przygotowanych formularzy nie jest obowiązkowe. Osoba ubiegająca się o zwrot może sporządzić wniosek w dowolnej formie. Ważne jest jedynie, aby zawierał on wszystkie niezbędne informacje (patrz ramka). W praktyce warto posłużyć się jednak drukiem VZM-1 i przewidzianymi do niego załącznikami: VZM-1/A i VZM-1/B, które są wykazami faktur uprawniającymi do rekompensaty. Na druku VZM-1/A należy wymienić dowody zakupów nieodliczone w ramach ulg mieszkaniowych, w formularzu VZM-1/B faktury, które były podstawą do odliczeń w podatku dochodowym (obecnie ustawa o PIT nie przewiduje już takiej możliwości, więc załącznik ten będzie wykorzystywany tylko przez osoby, które mają faktury z lat ubiegłych).
Kwotę zwrotu VAT określa urząd skarbowy w drodze decyzji. Wydaje ją w sześć miesięcy od dnia złożenia wniosku. Następnie w terminie 25 dni od dnia doręczenia decyzji urząd skarbowy wypłaca kwotę zwrotu.Jeżeli prawidłowość złożonego wniosku nie budzi wątpliwości, urząd skarbowy przekazuje kwotę wykazaną we wniosku bez wydawania decyzji. Wtedy wypłata zwrotu VAT następuje w sześć miesięcy od dnia złożenia wniosku. Kwota zwrotu VAT zostanie wypłacona, pod warunkiem że podatnik nie ma zaległości podatkowych. W przeciwnym razie będzie ona podlegać z urzędu zaliczeniu na poczet tych zaległości wraz z odsetkami za zwłokę.
Jeżeli decyzja nie zostanie wydana w terminie lub zwrot nie zostanie wypłacony w terminie, podlega on oprocentowaniu w wysokości opłaty prolongacyjnej, czyli połowy odsetek za zwłokę w zaległościach podatkowych. Oprocentowanie przysługuje od dnia następującego po dniu, w którym upłynął termin określony ustawą, włącznie do dnia wypłacenia kwoty zwrotu.
Oprocentowanie nie przysługuje, jeżeli winę za niewypłacenie rekompensaty w terminie ponosi osoba ubiegająca się o zwrot VAT. Odsetki nie będą też wypłacone, gdy opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od urzędu skarbowego.
Przez korektę wniosku rozumie się rozszerzenie zakresu żądania lub zgłoszenie nowego żądania. Wynika to z art. 167 ustawy 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (DzU z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.). W praktyce skorygowanie wniosku następuje poprzez złożenie nowego wniosku z ponownym wyliczeniem kwoty zwrotu VAT.