[b]Orzekł tak Trybunał Konstytucyjny w wyroku z 8 stycznia 2009 r. (sygn. P 6/07)[/b] dotyczącym art. 1 pkt 8 ustawy, w związku z art. 3 ustawy o VAT z 20 listopada 1999 r. .
Chodzi o regulacje, które bez przepisów przejściowych zmieniły zasady zwrotu VAT dla firm, którym bezterminowo przyznano status zakładów pracy chronionej. Do końca 1999 r. firmy zatrudniające niepełnosprawnych były całkowicie zwolnione z obowiązku wpłaty VAT do urzędu skarbowego. Po wejściu w życie zaskarżonych przepisów zamiast zwolnienia mogły się ubiegać się o zwrot VAT, po spełnieniu określonych warunków.
Preferencje podatkowe dla tego typu zakładów obowiązywały do 1 maja 2004 r. Następnie jako niezgodne z prawem UE zostały zastąpione przez inne programy pomocowe. [b]Trybunał zajął się tą sprawą na wniosek Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy[/b]. Sąd nie wiedział, jak rozstrzygnąć kwestię zakładu pracy chronionej działającego bezterminowo, któremu organy podatkowe na mocy zaskarżonych przepisów odmawiały prawa do zwrotu VAT za lata 2000 – 2003.
Sąd wskazał, że zaskarżone regulacje ustawy o VAT dyskryminowały zakłady działające bez ograniczeń czasowych w stosunku do tych firm, którym przyznano status zakładu pracy chronionej jedynie na trzy lata.
[b]WSA przytoczył wcześniejszy wyrok Trybunału z 25 czerwca 25 r. (sygn. K 45/01). Zgodnie z nim niekonstytucyjna była zmiana zasad zwrotu podatku dla firm, które uzyskały status zakładu pracy chronionej na trzy lata. Chodziło o ochronę rozpoczętych przez nie inwestycji.[/b]
