Po weryfikacji zeznania urząd skarbowy zakwestionował to odliczenie, ponieważ pieniądze nie zostały wpłacone na konto.
Zwrócił uwagę, że od 1 stycznia 2006 r. obowiązuje przepis, który nakazuje dokumentowanie wszelkich darowizn, także odliczanych na podstawie innych przepisów niż ustawa o PIT, dowodem wpłaty na rachunek bankowy. Chodzi o art. 26 ust. 6d ustawy o PIT.
Podatnik nie zgodził się z tą decyzją. W odwołaniu i skardze do WSA wskazywał, że wymóg ten wprowadzono z naruszeniem zasad przyzwoitej legislacji, bo rozwiązania z dwóch ustaw wzajemnie się wykluczają. To dlatego, że z ustawy o stosunku państwa do Kościoła katolickiego wynika, iż wpłata musi być udokumentowana pokwitowaniem odbioru, a ustawa o PIT nakazuje przekazanie pieniędzy na rachunek bankowy. Ponadto, zdaniem podatnika, przy wydaniu decyzji doszło do naruszenia zasady zaufania do organów podatkowych.
W broszurze informacyjnej do załącznika PIT/O, w którym odliczona została darowizna, zabrakło bowiem informacji, że wpłata musi być dokonana na rachunek bankowy obdarowanego. Według podatnika potwierdzało to, że wymóg ten nie dotyczy tzw. darowizn kościelnych. A nawet jeśli on istnieje, to nie można wydać decyzji podwyższającej PIT, ponieważ podatnik został wprowadzony w błąd przez organy podatkowe.
Sąd nie zgodził się z tymi argumentami i oddalił skargę. Uznał, że wskazane przez podatnika przepisy nie są sprzeczne, lecz wzajemnie się uzupełniają. Odliczający darowiznę musi więc spełnić wymagania dokumentacyjne z obu ustaw.
W uzasadnieniu wyroku WSA przyznał, że doszło do naruszenia art. 121 ordynacji podatkowej określającego zasadę zaufania do organów podatkowych.