CZD z Magellanem podpisał także umowę pożyczki na 16 mln zł pod weksel własny in blanco oraz zobowiązanie do jego zapłaty zgodnie z deklaracją wekslową. Co gorsza, zabezpieczenia realizacji umowy pożyczki zawarły dodatkową umowę przelewu wierzytelności przysługujących instytutowi z kontraktów z NFZ na leczenie.
CZD z roku na rok ma coraz wyższe koszty utrzymania - wynikające według kontrolerów głównie z przerostu zatrudnienia oraz małego obłożenia łóżek - a coraz mniejsze kontrakty. W Instytucie zatrudnionych jest aż 131 sekretarek. Kontrolerów zaniepokoił ogromny wzrost kosztów obcych -np. usług utylizacyjnych – niewspółmierny, prawie czterokrotny wzrost w 2011 roku i ponad 58 proc. czy kontrakty (m.in. na świadczenia usług medycznych) – które zanotowały najwyższy wzrost kosztów."Zwraca się uwagę na wzrost kosztów reprezentacji i informacji na poziomie 76 proc. w 2011 roku i ich prawie czterokrotny wzrost na koniec września 2012 r. "- czytamy w raporcie. 30 proc. kosztów to także podróże służbowe. "Wzrost kosztów podróży służbowych przedkładający się na absencję pracowników IPCZD w kontekście niewykonania kontraktu, spadku sprzedaży, wolnych łóżek i wzrostu kosztów kontraktów na usługi medyczne z zewnątrz oraz straty na działalności naukowej w ocenie Zespołu są trudne do uzasadnienia" - czytamy w raporcie resortu.
Oddziały instytutu generują koszty. Z 24, jedynie trzy miały dodatni wynik finansowy, tj. oddział Neonatologii, Patologii i Intensywnej Terapii Noworodka, oddział dziennej rehabilitacji neurologicznej oraz oddział kardiologii. Podobnie jest w poradniach - 26 Poradni osiągnęło ujemne wyniki finansowe. Najwyższe straty przynoszą poradnie: Neurologiczna i Epileptologiczna, Kadriologiczna, Logopedyczna, Okulistyczna i Diabetologiczna.
Dlaczego tak się dzieje? Jak uznali kontrolerzy, to wynik "niewłaściwej kwalifikacji wielu porad, nieprawidłowego rozliczenia do NFZ, zbyt dużego zatrudnienia (dotyczy w szczególności ilości sekretarek i pielęgniarek)".
Diagnostykę laboratoryjną wykonuje dla Instytucie (i w jego budynku) firma zewnętrzna ALAB Laboratoria. Z raportu wynika, że jej usługi są kilkukrotnie wyższe niż w innych takich laboratoriach. Pomimo, że IPCZD posiada w Zakładzie Radiologii Pracownię USG, badania usg wykonywane są przez dwie prywatne spółki. Nawet Izba Przyjęć jest outsorsowana.
Zdaniem kontrolerów, na szczególną uwagę zasługuje Klinika Pediatrii i Żywienia, której koszty dwukrotnie przekraczają kwotę przychodów uzyskanych w okresie od stycznia do września 2012 roku z NFZ. Równocześnie posiada ona największe zatrudnienie. Na 35 łóżek zatrudnionych jest 41 lekarzy, 52 pielęgniarki i 14 osób personelu pomocniczego. Powoduje to, że na 1 lekarza przypada miesięcznie 4 pacjentów, a na 1 zatrudnioną pielęgniarkę 3 pacjentów. W roku 2011 natomiast wartość kontraktu z NFZ wynosiła 6 mln zł, a na wynagrodzenie wraz z pochodnymi wydano ponad 7 mln zł. Kliniką Pediatrii i Żywienia kieruje obecny dyrektor Instytutu prof. Janusz Książyk. Co ciekawe, w ostatnim czasie dokonano kapitalnego remontu Kliniki Pediatrii i Żywienia, którego koszt wyniósł ok. 30 mln zł w całości sfinansowanego przez organizację pozarządową.