Po wojnie wrócił do Polski. W 1946 został kierownikiem Teatru Kameralnego Domu Żołnierza w Łodzi, który przeniesiono do stolicy i przemianowano na Teatr Współczesny. Kierował nim do 1981r. W latach 1954–1957 był dyrektorem połączonych scen Teatru Współczesnego i Narodowego. Od 1962 reżyserował regularnie za granicą – w Niemczech, Szwajcarii, Związku Radzieckim, Stanach Zjednoczonych i Holandii. Od 1972 był stałym reżyserem-gościem wiedeńskiego Burgtheater. Należał do Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej.
Od 1949 do 1979 roku, z małymi przerwami, Erwin Axer zajmował się pedagogiką na Wydziale Reżyserii w warszawskiej Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej. Jest również autorem licznych esejów o teatrze oraz krótkich form literackich, porównywanych często do prozy Antoniego Czechowa, a publikowanych przez lata w miesięcznikach "Dialog" i "Teatr". Część z nich opublikował w książkach: "Listy ze sceny" (1955, 1957), "Sprawy teatralne" (1966), "Ćwiczenia pamięci" (1984, 1991, 1998), "Kłopoty młodości, kłopoty starości" (2006), "Z pamięci" (2007).
Przypominamy rozmowę z Erwinem Axerem opublikowaną w "Rzeczpospolitej w 2006 r.
"Erwin Axer to jest niewątpliwie jeden z najważniejszych filarów, na których opierał się teatr XX w. To, że był ciągle z nami, dawało poczucie spokoju, że nad tym wszystkim, co się w teatrze dzieje, jakaś mądrość się unosi, smak, klasa, jakaś potrzeba wypowiedzi artystycznej i intelektualnej.
Wiadomość o jego śmierci, mimo że nie uczestniczył w życiu teatralnym od kilku lat, jest zaskakująca, każe zastanowić się nad przyszłością teatru bez Erwina Axera. On pozostanie w naszej pamięci, miejmy nadzieję, że nie zostanie ona zadeptana przez hałaśliwość dzisiejszych czasów.
Axer jest już częścią historii teatru od bardzo dawna. Zrealizował dziesiątki sztuk, w tym najgłośniejsze m.in. "Karierę Arturo Ui", "Trzy siostry", "Tango" i wszystkie inne mrożkowskie przedstawienia. Jednocześnie ponad 30 lat kierował jednym teatrem. Tę dyrekcję miałem zaszczyt przejąć z jego rąk, z jego wskazania. Do dziś stworzony przez niego Teatr Współczesny uprawia program artystyczny, który został stworzony tam przez Erwina Axera. Taka wyrwa się robi na Mokotowskiej 13. Czas nie oszczędził tego zaczarowanego miejsca.