Spółka miała poważne wątpliwości, czy od nabycia zorganizowanego przedsiębiorstwa notariusz zasadnie pobrał PCC. Przede wszystkim zauważyła, że nabycie zorganizowanego przedsiębiorstwa jako takie nie podlega PCC, bo art. 1 ust. 1 pkt 1 ustawy o PCC nie wymienia takiej czynności jak zbycie przedsiębiorstwa. Opodatkowaniu mogą podlegać jedynie poszczególne elementy tego przedsiębiorstwa będące rzeczami lub prawami materialnymi, a nie cała wartość, za jaką zbyto to przedsiębiorstwo. W ocenie podatniczki w konsekwencji fiskus dostał za dużo podatku. Zwłaszcza że opodatkowano także dodatnią wartość firmy, tzw. goodwill, która prawem materialnym nie jest, czyli PCC nie podlega.
Inaczej sprawę widział fiskus. W jego ocenie z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy jasno wynika, że opodatkowaniu podlegają umowy sprzedaży rzeczy i praw majątkowych. A dla opodatkowania czynności sprzedaży PCC nie ma znaczenia, czy umowa sprzedaży obejmuje przedsiębiorstwo, nieruchomość czy wierzytelność, która stanowi prawo majątkowe. Istotne jest, że przeniesienie własności następuje w drodze umowy sprzedaży.
Urzędnicy nie zgadzali się ze spółką, że ustawodawca pominął w ustawie opodatkowanie praw niematerialnych, a opodatkował jedynie rzeczy i prawa materialne. Nie jest też tak, że wartość firmy przewyższająca wartość poszczególnych składników przedsiębiorstwa nie podlega opodatkowaniu.
Spółka nie dała za wygraną i miała rację. Najpierw na wykładni fiskusa suchej nitki nie zostawił Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu. Zgodził się, że art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o PCC wyraźnie wskazuje, że podatkowi podlegają umowy sprzedaży rzeczy i praw majątkowych. Artykułu 7 ust. 3 ustawy nie można zaś interpretować w sposób, który wprowadzałby opodatkowanie innych składników przedsiębiorstwa niebędących rzeczą lub prawem majątkowym. Jak podkreślił WSA, nie można jednego przepisu interpretować w oderwaniu od drugiego. Nie stosuje się podatku do czynności będących poza zakresem ustawy. Takie działanie WSA uznał za ewidentnie sprzeczne nie tylko z samą ustawą, ale i z konstytucją. Nie miał też wątpliwości, że goodwill nie jest prawem majątkowym i nie podlega PCC.
Przegraną fiskusa przypieczętował NSA. Co prawda nie potwierdził forsowanej przez spółkę tezy, że sporna transakcja w ogóle nie podlega PCC, ale opodatkowaniu w takim przypadku podlegać będą rzeczy i prawa majątkowe według wartości rynkowej.
To nie koniec
Jak tłumaczył sędzia NSA Andrzej Jagiełło, ustawa o PCC nie wymienia wprost umowy sprzedaży przedsiębiorstwa. W konsekwencji zakres i podstawę opodatkowania takiej transakcji można oceniać jedynie przez pryzmat art. 1 ust. 1 pkt 1 a ustawy o PCC. Opodatkowanie wyznaczy więc suma PCC od wartości rynkowej poszczególnych rzeczy i praw majątkowych.