Uprawnienia ich zostały uregulowane w projekcie rozporządzenia Rady Ministrów w sprawie sposobu wykonywania niektórych czynności przez funkcjonariuszy celnych oraz trybu i zakresu współpracy Służby Celnej z policją i Strażą Graniczną.
Jego przepisy normują sposób postępowania organów Służby Celnej podczas zatrzymywania i przeszukiwania osób, przeszukiwania pomieszczeń, bagażu, ładunku, środków transportu i statków, zatrzymywania rzeczy i doprowadzania osób zatrzymanych, w trybie i przypadkach określonych w kodeksie postępowania karnego. Regulują też tryb i zakres współpracy Służby Celnej z policją i Strażą Graniczną.
Rozpoczynając swoje czynności, funkcjonariusz będzie zobowiązany do podania imienia i nazwiska oraz stopnia. Musi to zrobić w sposób umożliwiający zainteresowanemu odnotowanie tych danych. Powinien także poinformować o podstawie prawnej i przyczynie podjęcia czynności (jeżeli wykonuje je funkcjonariusz nieumundurowany, to ma ponadto obowiązek okazania legitymacji służbowej).
Po zakończeniu czynności funkcjonariusz ustnie informuje osobę, wobec której je podjęto, o prawie złożenia zażalenia do właściwego miejscowo prokuratora.
W projekcie odstąpiono od określenia sposobu przeprowadzenia czynności, o których mowa w art. 72 ust. 1 pkt 2 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=174248]ustawy o Służbie Celnej[/link]. Chodzi o sposób zatrzymania osoby wskutek pościgu transgranicznego, czyli rozpoczętego w jednym państwie przez jego funkcjonariuszy celnych i kontynuowanego na terytorium innego państwa bez wcześniejszego uzyskania pozwolenia jego władz (ze względu na pilną sytuację).
