W 2013 r. RPO zwrócił się do Trybunału Konstytucyjnego o stwierdzenie niezgodności z konstytucją przepisu rozporządzenia ministra sprawiedliwości z 17 października 2001 r. w sprawie zakładów poprawczych i schronisk dla nieletnich w zakresie, w jakim dają możliwość izolowania nieletnich ze względu na bezpieczeństwo i porządek w zakładzie poprawczym lub schronisku dla nieletnich. Dyrektor takiej placówki mógł umieścić nieletniego w izbie przejściowej lub oddzielnym pomieszczeniu mieszkalnym na czas określony. W praktyce izolacja trwała nawet kilkadziesiąt dni.
Zdaniem RPO zaskarżony przepis był nadużywany przez dyrektorów placówek, choć prawo dawało im inne, mniej represyjne instrumenty wystarczające dla zapewnienia bezpieczeństwa lub porządku. Rzecznik uważa, że długotrwała izolacja wychowanków jest niedopuszczalna, gdyż nie ma walorów wychowawczych, a wręcz przeciwnie - może negatywnie wpłynąć na stan nieletniego. Wniosek RPO o stwierdzenie niekonstytucyjności został poparty przez Prokuratora Generalnego i Rzecznika Praw Dziecka.
6 listopada 2015 r. zaskarżony przepis został zmieniony, obecnie brzmi następująco: "dyrektor zakładu dla zapewnienia bezpieczeństwa lub porządku w zakładzie może na czas określony umieścić nieletniego w izbie przejściowej na okres nie dłuższy niż 14 dni."
Zdaniem RPO zmiana nie wyeliminowała problemu. Prawo dające możliwość izolowania - ze względu na bezpieczeństwo i porządek - nieletnich, którzy przebywają w zakładach poprawczych i schroniskach dla nieletnich, nadal pozwala na nadużycia.
- Możliwość izolowania nieletniego w oparciu o kwestionowane przepisy jest zbyt łatwa, albowiem przesłanki jej stosowania są nieprecyzyjne. Dodatkowo, żaden przepis nie nakłada na dyrektorów placówek obowiązku poinformowania innych organów (np. sędziego rodzinnego) o stosowaniu tego restrykcyjnego środka. Ponadto może on być stosowany przez 14 dni, podczas gdy umieszczenie osadzonego w celi izolacyjnej jako środek przymusu bezpośredniego może mieć miejsce w określonych przypadkach i tylko przez określony czas – maksymalnie do 48 godzin. Przepisy rozporządzenia, nie dają również nieletniemu możliwości zaskarżenia decyzji dyrektora placówki do sądu, który mógłby ocenić zasadność użycia tego środka izolacji. Trzeba powiedzieć, że poprzez istnienie w systemie prawnym tego środka izolacji, sytuacja nieletnich jest gorsza od sytuacji więźniów dorosłych odbywających karę pozbawienia wolności, gdzie dyrektor nie ma analogicznych uprawnień – wyjaśniał dr Marcin Mazur, zastępca dyrektora Zespołu Krajowy Mechanizm Prewencji.