Misją Instytutu Pileckiego jest „prowadzenie najwyższej jakości badań, obiektywnych, a więc wolnych od wpływów wszelkich ideologii, jak również upamiętnianie i dokumentowanie historii XX wieku, zwłaszcza doświadczeń polskich obywateli”. Zarazem jest to placówka powołana w czasach rządów Prawa i Sprawiedliwości, na którą obecni koalicjanci patrzą mało przychylnie.
Jak pisaliśmy na łamach „Rzeczpospolitej”, o Instytucie zrobiło się w ostatnich miesiącach głośno choćby wtedy, gdy resort kultury zażądał zwrotu dotacji w wysokości prawie 200 tys. zł. Chodziło o to, że te środki były przeznaczone m.in. na naukę o misiu Wojtku z Armii Andersa, o Januszu Korczaku czy o Kazimierzu Nowaku oraz polskim godle. Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego zakwestionowało też wydatki na konferencję poświęconą tematyce białoruskiej, a także przyznanie stypendiów dla badaczek białoruskich i ukraińskich. Z kolei konflikt między berlińskim oddziałem Instytutu Pileckiego a nowym dyrektorem IP, prof. Krzysztofem Ruchniewiczem, stał się sprawą publiczną i opisywaną przez media.