Co do zasady obowiązek podatkowy u spółki opodatkowanej estońskim CIT powstaje w momencie wypłaty zysku (dywidendy) na rzecz jej wspólników/udziałowców. Wypłata dywidendy wspólnikowi powoduje u niego powstanie obowiązku podatkowego z tytułu zysków kapitałowych. Podatek wspólnika można jednak pomniejszyć o część podatku zapłaconego przez spółkę.
Mając na względzie, że ryczałt od dochodów spółek (CIT estoński) płacony jest dopiero do końca trzeciego miesiąca roku podatkowego następującego po roku, w którym podjęto uchwałę o wypłacie zysku, a PIT od dywidendy wspólnika należy potrącić już w dniu wypłaty, wątpliwości może budzić ustalenie momentu pomniejszenia podatku dochodowego od osób fizycznych o należny CIT estoński.