Tak orzekł WSA w Olsztynie 14 lipca 2011 (I SA/Ol 396/11, I SA/Ol 439-443/11).
Spółka otrzymała, w zamian za udziały, wkład niepieniężny w postaci zorganizowanej części przedsiębiorstwa. W wyniku wyceny tego aportu skorygowano deklarację na podatek od nieruchomości, przyjmując za podstawę opodatkowania wartość początkową środków trwałych (budowli) wykazanych w ewidencji poprzedniego właściciela, pomniejszoną o stan ich umorzenia.
Organy podatkowe zakwestionowały korektę, powołując się na art. 16g ust. 10 pkt 1 ustawy o CIT, zgodnie z którym w przypadku nabycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części łączną wartość początkową nabytych środków trwałych stanowi ich wartość rynkowa, jeśli występuje tzw. dodatnia wartość firmy, definiowana jako dodatnia różnica między ceną nabycia przedsiębiorstwa a jego wartością rynkową.
W poszczególnych decyzjach określono spółce zobowiązania podatkowe za lata 2003 – 2009, biorąc za podstawę opodatkowania budowli wartości wynikające z operatu szacunkowego biegłego powołanego przez organ.Sąd uchylił wszystkie zaskarżone decyzje. W uzasadnieniu stwierdził, że spółka prawidłowo za podstawę opodatkowania przyjęła wartości będące podstawą naliczania odpisów amortyzacyjnych dla celów CIT.
W ocenie sądu nie stosuje się tu art. 16g ust. 2 ustawy o CIT, bo możliwość jego zastosowania wyłącza treść art. 4 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, z którego wynika, że nie można odwoływać się do wartości rynkowej w przypadku środków trwałych podlegających amortyzacji.