Pod koniec czerwca 2013 r. zapadła kontrowersyjna uchwała NSA (sygn. akt I FPS 1/13), zgodnie z którą „gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami podatku od towarów i usług". Jej treść oznacza rewolucyjną zmianę dotychczasowej praktyki rozliczania tego podatku w przyszłości oraz za minione prawie 6 lat. Przekreśla wieloletnią praktykę podatkową ponad pięćdziesięciu tysięcy podatników tego podatku. Czy jednak pogląd kwestionujący podmiotowość jednostek budżetowych samorządu jest zasadny?
Podjęcie uchwały z dnia 24 czerwca br. przez NSA dla gmin i jej jednostek budżetowych oznacza konieczność podjęcia natychmiastowych działań polegających na skorygowaniu setek tysięcy deklaracji oraz ewidencji, milionów faktur wystawionych przez jednostki budżetowe jako podatnika tego podatku. Następnie całość dokumentowania, ewidencjonowania oraz deklarowania tego podatku „musi być przeniesiona" na szczebel jednostek samorządu terytorialnego, które przecież też były od lat odrębnymi podatnikami, czyli prowadziły odrębnie swoje rozliczenia i dokumentacje. Żeby postawić kropkę nad i: treść uzasadnienia tej uchwały nic tu nie zmieni. Czy ktoś wyobraża sobie możliwość sprawnego przeprowadzenia w ciągu najbliższego roku tak gigantycznej operacji?
Należy w szczególności mieć na uwadze, że gminne jednostki budżetowe w znaczącej liczbie mogły korzystać ze zwolnienia podmiotowego. Oznacza to, że gmina, która nie korzystała z tego zwolnienia, ma potencjalną zaległość podatkową powstałą w wyniku wykonywania czynności opodatkowanych, a które to czynności, po dodaniu do „jej" dostaw i usług, nie spełniały warunków zwolnienia. A zatem gminy muszą ustalić, które jednostki budżetowe objęte były i są dziś zwolnieniem podmiotowym w podatku od towarów i usług, oraz odpowiednio zsumować wspólnie wykonywane czynności podlegające opodatkowaniu tym podatkiem; dotyczyć to będzie całego okresu nieobjętego przedawnieniem podatkowym. Następnie dokonać korekty faktur i deklaracji podatkowych – tu może pojawić się wątpliwość, czy jednostki budżetowe mogą wystawić i przyjąć faktury korygujące, skoro nie były podatnikami podatku od towarów i usług. Niektóre organy podatkowe stoją z reguły na stanowisku, że w takiej sytuacji jednostka nie ma prawa do wystawienia faktur korygujących i skorygowania deklaracji podatkowej, nie ma bowiem statusu podatnika tego podatku; gmina ma zaś obowiązek zapłaty należnego podatku.
Dodatkowo należy wskazać problem dotyczący kas rejestrujących. W przypadku wykonywania czynności przez gminę jako jedynego podatnika obowiązujące obecnie limity zwolnienia z obowiązku prowadzenia ewidencji przy zastosowaniu tych kas zostały dawno przekroczone, a kasy zgłosiły podmioty, które (jakoby) nie są podatnikami. W jaki sposób gmina jako wyłączny podatnik ma „przejąć" kasy jednostek budżetowych?
W odmiennej sytuacji są podatnicy, którzy mają interpretacje indywidualne wydane – zgodnie z zasadą określoną w ordynacji podatkowej zastosowanie się do interpretacji indywidualnej przed jej zmianą lub przed doręczeniem organowi podatkowemu odpisu prawomocnego orzeczenia sądu administracyjnego uchylającego interpretację indywidualną nie może szkodzić wnioskodawcy, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Dodatkowo minister finansów może z urzędu zmienić wydaną interpretację ogólną lub indywidualną, jeżeli stwierdzi jej nieprawidłowość, uwzględniając w szczególności orzecznictwo sądów.
