Akt terrorystyczny w Biesłanie rozpatrywały dwie prokuratury: Prokuratura Generalna Rosji i – niezależnie od niej, a nawet wbrew niej - prokuratura Osetii Północnej. Prokuratura północnoosetyjska dążyła do wiernego odtworzenia faktów, gdyż dopuszczenie do tragedii obciążało zarówno ją, jak i północnoosetyjskie organy władzy i ścigania. Także w Osetii Północnej toczyło się śledztwo przeciwko jedynemu pojmanemu terroryście (który – jak się okazało - nie miał broni i sam się poddał). I chociaż dziennikarzom wolno było je śledzić tylko z sąsiedniej sali, w której często wyłączano nagłośnienie, pozostały stenogramy z przesłuchań oskarżonego i świadków.
Oprócz stenogramów oraz milicyjnych aktów ujawnionych w niezależnych śledztwach trzeba tu jeszcze wymienić: materiały spraw karnych domniemanych terrorystów (wszyscy, których zidentyfikowano byli wcześniej zatrzymani jako bojownicy i przetrzymywani w aresztach FSB, potem wypuszczeni, co w tym czasie w Czeczenii należało do wyjątku), fakty ujawnione przez członkinie organizacji Matki Biesłanu (na przykład ten, że do wszystkich szkół w Biesłanie wysłano milicyjne patrole, a szkołę numer 1 ochraniała jedna funkcjonariuszka), telegramy milicyjne ze stolicy Osetii Północnej – Władykaukazu, przez cały sierpień 2004 roku uprzedzające Biesłan o możliwym niebezpieczeństwie ataku terrorystycznego, oddzielny raport deputowanego Dumy Państwowej, byłego rektora Bałtyckiego Państwowego Uniwersytetu Technicznego w Petersburgu, specjalisty od fizyki spalania i wybuchów, profesora Jurija Sawieliewa, udowadniający, że strzelano z miotaczy ognia do sali pełnej dzieci, i że to nie bomby terrorystów, lecz te pociski spowodowały pożar, a ten - zawalenie się dachu i śmierć większości z 333 zabitych zakładników. Wszystko to tworzy obraz sprzeczny z wersją oficjalną.
Przestępstwo na zamówienie
W obraz ten trudno uwierzyć, podobnie jak w fakty związane z innymi głośnymi aktami terrorystycznymi w Rosji. Można tu choćby wymienić: wysadzenie w powietrze budynków mieszkalnych w Bujnaksku, Moskwie i Wołgodońsku w 1999 roku, zamach na moskiewski dom kultury na Dubrowce podczas spektaklu „Nord-Ost" w 2002 roku, wybuch bomby w Kaspijsku w tym samym roku czy zamach na pociąg w Jessentukach w 2003 roku. Nagła śmierć dosięgła wielu z tych, którzy związane z tymi wydarzeniami fakty ujawnili: Jurij Szczekoczichina i Siergieja Juszenkowa w 2003 roku, Otto Latsisa w 2005 roku, Annę Politkowską i Aleksandra Litwinienkę w 2006 roku... Ostateczny wywód sprecyzowała Jelena Miłaszyna: „Akt terorystyczny w Biesłanie to klasyczne przestępstwo na zamówienie. Zamawiającym nie był Basajew. Jego wykorzystali ci, którym potrzebna była destabilizacja Osetii Północnej wykonana czeczeńskimi rękami. Wykorzystanie Basajewa, od 1992 roku związanego z rosyjskim wywiadem wojskowym (GRU), nie było trudne. Prawdą jest, że podczas tak zwanej pierwszej wojny czeczeńskiej (1993 – 1996) okazał się prawdziwie czeczeńskim patriotą, ale prawdą też jest, że początek rządów Władimira Putina zbiega się z antyczeczeńskimi w rezultacie poczynaniami Basajewa. I z jego walką z pokojowo nastawionym, uznawanym przez Zachód, prezydentem Czeczenii Maschadowem".
Największym problemem Putina w tym czasie były właśnie pokojowe inicjatywy Maschadowa, do których czynnie włączyli się zachodni politycy i Parlament Europejski. Dążyli do poddania Czeczenii pod kontrolę instytucji międzynarodowych, a to obnażyłoby bezmiar stosowanego tam przez Rosjan terroru, nieustępującego zbrodniom na Bałkanach. Kreml nie mógł do tego dopuścić. Ukazanie barbarzyństwa Czeczenów i przypisanie go Maschadowowi było więc na rękę obu „umawiającym" się stronom.
Tym razem kontaktami z Basajewem zajął się Wydział do Walki z Przestępczością Zorganizowaną północnoosetyjskiego MSW. Wspierała go północnoosetyjska służba bezpieczeństwa (FSB), włączając do gry swego agenta o nazwisku Chodow. Jego zadaniem było sprowokowanie Basajewa do działania i informowanie pełnomocników o jego zamiarach. Pełnomocnicy Chodowa wyznaczyli mu cel: budynek rządowy we Władykaukazie, stolicy Osetii Północnej, bo im potrzebna wówczas była destabilizacja sytuacji w republice i zmiana władzy. Basajewowi i jego podkomendnym otwarto więc przejście z Czeczenii do Osetii Północnej. I choć zmienił on ich plan na swój własny – szkołę – przeszkód po drodze nie napotkał. Czy Basajew – patriota – przy pomocy sterroryzowanych dzieci rzeczywiście chciał zmusić prezydenta Putina do zakończenia rozlewu czeczeńskiej krwi i do zaprzestania masowego stosowania tortur? Nie wiadomo. Jedyne, co jest pewne, to to, że zależało mu na pertraktacjach.
Niewprowadzone do gry wydziały MSW mogły więc sobie bić na trwogę, a miejscowa prokuratura mogła poszukiwać znanego terrorystę Chodowa, który dziwnym trafem co rusz się jej wymykał. Po akcji w szkole numer 1 został wprawdzie zatrzymany, ale szybko ślad po nim zaginął.