W ustawie z 6 listopada 2008 r. nowelizującej m.in. przepisy ustawy o PIT w art. 7 wprost zapisano prawo podatników do odliczania w ramach ulgi odsetkowej odsetek od tzw. kredytu refinansowego. W ten sposób jednoznacznie przesądzono, że kredyt refinansowy zaciągany i przeznaczony na spłatę kredytu zaciągniętego na cele mieszkaniowe nadal jest kredytem na te cele i jako taki umożliwia korzystanie z tej ulgi. Ta nowelizacja przepisów uwzględniła linię orzeczniczą sądów administracyjnych, które w licznych wyrokach tak właśnie interpretowały przepisy o uldze odsetkowej.
Niestety takich samych zapisów nie doczekali się podatnicy, których dotyczą przepisy regulujące zasady opodatkowania przychodu ze sprzedaży nieruchomości, w tym – zwolnienie zapisane w art. 21 ust. 1 pkt 32 lit e) ustawy o PIT w brzmieniu obowiązującym przed 1 stycznia 2007 r. Brak analogicznej, jak w przypadku ulgi odsetkowej, nowelizacji przepisów wykorzystują organy podatkowe, seryjnie odmawiając podatnikom prawa do skorzystania ze zwolnienia z opodatkowania przychodu ze sprzedaży nieruchomości nabytej do końca grudnia 2006 r., którzy zmienili bank kredytujący zakup nieruchomości, czyli zaciągnęli tzw. kredyt refinansowy. Przykładem są interpretacje indywidualne dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu (z 2 września 2011 r., nr ILPB2/415-627/11-4/ES, z 19 kwietnia 2011 r., nr ILPB2/415-106/11-3/WS, z 2 marca 2011 r., nr ILPB2/415-1353/10-2/WS i z 25 stycznia 2011 r., nr ILPB2/415-1199/10-3/JK).
Interpretacji zwolnienia podatkowego prezentowanej przez fiskusa nie aprobują jednak sądy administracyjne. Zdaniem sądów podatnik, chcąc zmniejszyć swoje obciążenie względem banku, nie może ponosić z tego tytułu ujemnych dla siebie konsekwencji podatkowych. Kredyt refinansowy (korzystniejszy w spłacie) nie traci swojego pierwotnego celu, jakim było finansowanie np. budowy domu czy zakupu lokalu mieszkalnego. Skoro zatem kredyt ten przeznaczony był na cele mieszkaniowe, to przewidziane na jego spłatę przychody ze sprzedaży nieruchomości mieszczą się w dyspozycji art. 21 ust. 1 pkt 32 lit. e) ustawy o PIT. Tym samym korzystają ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem dochodowym. Sądy też zgodnie uznały, że interpretacja tego przepisu przez organy podatkowe prowadzi do pozaustawowego ograniczenia zastosowania zwolnienia podatkowego (tak w prawomocnych wyrokach: WSA w Kielcach z 12 listopada 2009 r., sygn. I SA/Ke 393/09 oraz WSA w Warszawie z 14 grudnia 2007 r., sygn. III SA/Wa 1818/07).
Owa daleko idąca rozbieżność interpretacyjna powoduje, że podatnicy są zmuszeni każdorazowo walczyć o swoje prawo w sądzie. Ich sytuacja znacznie się zresztą pogorszyła po wyroku NSA z 12 sierpnia 2011 r. (sygn. II FSK 374/10). Warto jednak podkreślić, że nawet NSA, uzasadniając niekorzystne dla podatników rozstrzygnięcie, powołał się na brak stosownej nowelizacji przepisów.
Bez ustawowej zmiany fiskus nadal będzie upierał się przy absurdalnej interpretacji tego zwolnienia w myśl zasady in dubio pro fisco. Chociaż w tym przypadku takich wątpliwości nie ma, bo istota i cel zaciągania kredytu refinansowego w przepisach regulujących zwolnienie z PIT oraz w przepisach regulujących ulgę odsetkową są identyczne.