8 września 1911 r. zmarł biskup krakowski kardynał Jan Puzyna. Na jego miejsce wyznaczono ponadczterdziestoletniego Sapiehę. 17 grudnia 1911 r. w kaplicy Sykstyńskiej Pius X udzielił mu sakry biskupiej. Ingres do katedry Wawelskiej odbył się cztery miesiące później, 3 marca 1912 r. Krakowski „Czas" donosił następnego dnia: „Ludność miasta witała swego arcypasterza z tak gorącym sercem, z taką sympatią, z takim podniosłem uczuciem, jak tego mało pamiętamy przykładów".
To, co zawsze powtarza się we wspomnieniach o księciu kardynale, to jego bliskość w kontaktach z ludźmi. Idąc śladem społecznego nauczania Kościoła zapoczątkowanego pontyfikatem Leona XIII, Sapieha doskonale zdawał sobie sprawę z wagi zaangażowania w sprawy codziennych trosk ludności. W obliczu wzrastającej popularności idei socjalistycznych nowy biskup krakowski podjął wyzwanie czasów. Trudno zliczyć wszelkie inicjatywy społeczne i charytatywne podejmowane przez Kościół krakowski w czasach jego urzędowania. Podczas I wojny światowej, widząc spustoszenia czynione przez działania wojenne, nie pozostał obojętny. W 1915 r. z jego inicjatywy powstał Książęco-Biskupi Komitet Pomocy dla Dotkniętych Klęską Wojny. Podjął współpracę z zagranicznymi ośrodkami, m.in. ze szwajcarskim Komitetem Pomocy Ofiarom Wojny założonym przez Ignacego Paderewskiego i Henryka Sienkiewicza. Po odbudowaniu państwa polskiego biskup Sapieha nie ustawał w tej działalności; nie zrzucał obowiązku miłosierdzia na rodzące się państwo. Podążał za głosem sumienia. Patronował i wspomagał liczne projekty charytatywne: kuchnie dla ubogich, ośrodki opieki nad sierotami i potrzebującymi. W czasie II wojny światowej wspierał powstanie i działalność Rady Głównej Opiekuńczej. Róża Łubieńska wspomina w tekście napisanym tuż po śmierci kardynała: „Czy chodziło o stowarzyszenia religijne, czy o instytucję społeczną, czy o dom dla wychodzących z więzienia, pogotowie opiekuńcze dla dzieci, schronisko dla służących – wszystko to powstawało za jego pomocą, radą, wskazówkami i materialnym, i moralnym poparciem". Dalej zauważyła: „Dostęp do Kardynała był niesłychanie łatwy, stosunek tak bezpośredni i prosty, że pomimo największego uszanowania każdego już po chwili rozmowy opuszczała nieśmiałość. Nie było najdelikatniejszej sprawy, której z całym zaufaniem mu nie powierzono". Tę ważną cechę charakteru kardynała potwierdzają liczne świadectwa. W kontaktach ze zwykłymi ludźmi znikała bariera urzędu czy arystokratycznego tytułu. Legendą stały się jego odwiedziny w prowadzonych przez siostry zakonne kuchniach dla ubogich, gdzie kosztował rozdawanych posiłków. Wielokrotnie widywano go samotnie spacerującego krakowskimi plantami. Profesor Władysław Folkierski pisał: „Szedł sam, bez towarzystwa, trochę z wyglądem człowieka, który uciekł lub wywinął się otoczeniu. Czarno ubrany, z ledwo dostrzegalnym rąbkiem fioletu wychodzącym zza kołnierza".
Niezłomny
Naturalnie okazywana przez biskupa chrześcijańska troska o bliźniego nie łączyła się z pokorą wobec władzy. Kardynał Sapieha znał brzemię swojej odpowiedzialności wobec Boga i ojczyzny. W sprawach zasadniczych pozostawał nieugięty. Kiedy po wydaniu Aktu 5 listopada poproszono go o odśpiewanie „Te Deum" na Wawelu, odmówił. Nie godził się na Polskę bez Krakowa. Z całą stanowczością potępił tzw. wydarzenia krakowskie z 1923 r., kiedy to w wyniku zamieszek wywołanych przez PPS zginęło 14 żołnierzy, nazywał działania socjalistów „atakiem na podstawy państwa".
Niezwykle gwałtowny przebieg miał tzw. konflikt wawelski. W 1937 r. arcybiskup Sapieha w trosce o uszanowanie sakralnego i historycznego charakteru katedry Wawelskiej podjął decyzję o przeniesieniu zwłok marszałka Piłsudskiego z krypty św. Leonarda do wyremontowanej krypty pod Wieżą Srebrnych Dzwonów. Miejsce to było wcześniej ustalone ze stroną rządową. Sapieha poinformował prezydenta Mościckiego o zamiarze przeniesienia trumny, nie otrzymując odpowiedzi, zarządził umieszczenie jej w nowym miejscu. Decyzja ta wywołała ostrą reakcję władz, premier Felicjan Składkowski podał się do dymisji, rozpoczęła się antysapieżańska nagonka ze strony środowisk i prasy sanacyjnej. Ostatecznie po interwencji Watykanu sprawę rozwiązano polubownie. Sapieha w liście do prezydenta Ignacego Mościckiego nie uznał swojej decyzji za błąd, jednak zaznaczył, że nie było jego zamiarem urażanie pamięci marszałka ani powagi głowy państwa.
Prawdziwą wielkość charakteru metropolity ukazały kolejne lata. Po wkroczeniu wojsk niemieckich to na Sapiehę spadł ciężar kierowania pracami polskiego Kościoła po wyjeździe z kraju prymasa Augusta Hlonda. Na ile mógł, ochraniał społeczeństwo przed reżimem nazistów. Interweniował u Mussoliniego w sprawie aresztowanych profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego. Pisał liczne memoriały do przedstawicieli władz niemieckich, domagając się zaprzestania bezprawia i złagodzenia polityki. W czasie wojny krakowska kuria stała się ostoją dla społeczeństwa. Po tym, jak zlikwidowano seminarium duchowne, młodzi klerycy znaleźli schronienie przy Franciszkańskiej 3, kontynuując tam swoje przygotowania do kapłaństwa. Był wśród nich młody Karol Wojtyła. Ziemianie w obawie przed wojennym zniszczeniem oddawali na przechowanie do kurii cenne pamiątki rodzinne zarekwirowane przez bezpiekę w 1952 r. Ludność Krakowa widziała w pałacu biskupim nie tylko źródło działalności pomocowej, ale przede wszystkim wzór ojca swoich wiernych. W czasach upodlenia zachował godną postawę. Nie dawał się wciągać w niemieckie rozgrywki polityczne. Z chwilą zbliżania się frontu odmówił wydania listu pasterskiego wzywającego do walki z bolszewizmem. Nie pozostał też obojętny na los ludności żydowskiej, nakazał duchowieństwu nieść jej wszelką możliwą pomoc, zezwolił na wyrabianie fałszywych dokumentów dla Żydów umożliwiających zmianę tożsamości i de facto przeżycie.
W „Księdze Sapieżyńskiej" znajdujemy ciekawą historię. W czasie rekolekcji w Kalwarii Zebrzydowskiej 4 lipca 1943 r. do uczestników przyszedł arcybiskup i powiedział: „Dzisiaj zginął generał Sikorski, nie upadać na duchu, poczym wskazując na dwie przeciwległe strony świata, dodał: »Pomoc nie przyjdzie ani stąd, ani stąd«, a potem tylko ręką pokazał na niebo". Wielce wymowne te słowa w kontekście następnych 40 lat. Sapieha nie łudził się co do intencji Sowietów oraz utworzonego przez nich „ludowego" aparatu władzy. Jednakże komuniści doskonale widzieli, z kim mają do czynienia. Autorytet Sapiehy wśród ludności był ogromny, nie wspominając o uznaniu międzynarodowym.
