To kolejny etap zmian, jakich dokonuje jeden z najbardziej znanych jeszcze do niedawna polskich duchownych katolickich. O nowym nazwisku poinformował na stronie Pracowni Pytań Granicznych, którą wspólnie z żoną Beatą (dawniej Pokorską, dziś Polak) prowadzi na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.
W marcu 2007 r. Tomasz Węcławski porzucił kapłaństwo. Nie podał powodów odejścia. Napisał tylko, że „po wieloletnim i gruntownym zastanowieniu” doszedł do przekonania, że „z racji sumienia” nie może już w swoim działaniu „reprezentować instytucji i wspólnoty kościelnej”.
W grudniu dokonał aktu apostazji, czyli odstąpienia od Kościoła. Stało się to w obecności proboszcza parafii i dwóch świadków. I tym razem prof. Węcławski nie chciał mówić o powodach porzucenia wiary, odsyłając do swoich wykładów, z których wynikało, że odrzucił boską naturę Jezusa. W jedynym tekście, jaki ogłosił na ten temat w „Tygodniku Powszechnym”, napisał m.in., że „historii Jezusa, jak żadnej w ogóle ludzkiej historii, nie da się przypisać jednej interpretacji. A tym bardziej: interpretacji jedynej możliwej”.
Węcławski był m.in. rektorem poznańskiego seminarium duchownego, dziekanem Papieskiego Wydziału Teologicznego w Poznaniu i członkiem Międzynarodowej Komisji Teologicznej. W 2002 r. opowiedział się za wyjaśnieniem sprawy abp. Juliusza Paetza oskarżonego o molestowanie kleryków. Był też członkiem zespołu powołanego przez rzecznika praw obywatelskich ds. zbadania materiałów IPN na temat współpracy abp. Stanisława Wielgusa z SB.
