28 września 1939 roku minister spraw zagranicznych III Rzeszy Joachim von Ribbentrop ponownie przyjechał do Moskwy, aby tym razem podpisać z ZSRR „Pakt o granicach i przyjaźni". Ze strony radzieckiej umowę podpisał osobiście Stalin. Do protokołu załączono mapę przedstawiającą nową granicę sowiecko-niemiecką. Miała przebiegać na wschód od Warszawy i Lublina. Polska – zaatakowana wcześniej z obu stron – miała przestała istnieć, a jej wschodnia część, z Wilnem, Lwowem, Grodnem i Białymstokiem, znalazła się w granicach Związku Sowieckiego. Aby nadać tej agresji ramy prawne, Rada Najwyższa ZSRR przyjęła uchwałę, z której wynikało, że ziemie „zachodniej Białorusi" i „zachodniej Ukrainy" (tak je nazwano) zostają włączone do terytorium ZSRR. Wcześniej zorganizowano tam „wybory" do Zgromadzeń Ludowych, pod całkowitą kontrolą NKWD. Mieszkańców zmuszono, aby poparli komunistów autoryzowanych przez Moskwę. Ci ostatni nie próżnowali. Gdy tylko Armia Czerwona przekroczyła polską granicę, partyjni funkcjonariusze zaczęli na podbitych terenach organizować obwodowe komitety, które miały stać się zalążkiem nowej władzy.
Bieżeńcy
Stalin doskonale zdawał sobie sprawę, że na podbitych terenach natychmiast powstanie ruch oporu. Wiedział również, że Polacy nie sprzyjają komunizmowi. Żyło jeszcze zbyt wielu obywateli II RP pamiętających zbrodnie sowieckie z 1920 roku. Hasła komunistów, działających nielegalnie przed wrześniem 1939 roku, nie trafiały na podatny grunt. Stalin wiedział, że jeśli chce zaprowadzić komunizm w Polsce, to musi złamać kręgosłup narodu, a więc wymordować wszystkich tych, którzy – jego zdaniem – mogli być przeciwnikami nowej władzy: inteligencję, fabrykantów i oficerów wojska. Stalin i jego szef NKWD – Ławrientij Beria – określali te grupy społeczne jako „element niepewny politycznie".
Jeszcze w październiku 1939 roku, zanim formalnie Rada Najwyższa ZSRR wcieliła wschodnie ziemie Rzeczypospolitej, NKWD i wojsko rozpoczęły masową akcję przesiedlania na wschód uchodźców z zachodniej i centralnej Polski. Tych, którzy uciekli przed wojskami niemieckimi, osadzono najpierw w obozach przejściowych, aby potem przewieźć ich do wschodnich obwodów Białorusi i Ukrainy. W ten sposób wywieziono około 55 tysięcy ludzi. Dokumenty sowieckie nazywają ich „bieżeńcami". Większość nie przeżyła wojny.
Szczegółowa instrukcja
5 grudnia 1939 roku Rada Komisarzy Ludowych podjęła uchwałę (nr 1001/558) „o wysiedleniu osadników i funkcjonariuszy Służby Leśnej z zachodnich obwodów Białoruskiej i Ukraińskiej Socjalistycznej Sowieckiej Republiki". Nadzorujący NKWD Ławrientij Beria zlecił przeprowadzenie gruzińskiemu komuniście Ławrientijowi Canawie, wówczas ludowemu komisarzowi spraw wewnętrznych na Białorusi, oraz Iwanowi Sierowowi – komisarzowi na Ukrainie – sporządzenie specjalnych list z osób „niepewnych politycznie", które podlegać miały aresztowaniu. Na listach znaleźć się miały nazwiska tych, którzy mogli stać się zagrożeniem dla sowieckiej władzy. 29 grudnia 1939 r. Rada Komisarzy Ludowych zatwierdziła dyrektywę Berii, która wprowadzała porządek przesiedlania, regulamin i procedury. Zgodnie z nią osoba podejrzana podlegała deportacji wraz z całą rodziną. O deportacji informował dowódca oddziału wojskowego. Aresztowanym przysługiwało pół godziny na to, aby spakować najbardziej potrzebne rzeczy, które łącznie miały ważyć nie więcej niż 30 kilogramów. Każdą aresztowaną rodzinę żołnierze mieli obowiązek przewieźć na stację kolejową, gdzie sotnie NKWD zajmowały się umieszczeniem jej w wagonie. Instrukcja Berii mówiła wyraźnie, że deportacje mają się odbywać z wykorzystywaniem pociągów. Każdy konwój miał składać się z 55 wagonów towarowych, każdy do przewozu 25–30 aresztowanych (tzw. bydlęce wagony), jednego wagonu osobowego dla strażników, czterech towarowych do przewozu bagażu i jednego sanitarnego zawierającego leki niezbędne do udzielania pomocy. W każdym konwoju jechać miał felczer i dwie pielęgniarki, gotowe w każdej chwili nieść pomoc medyczną pasażerom. Dyrektywa Berii nakładała również obowiązek, aby raz dziennie każdy z aresztowanych otrzymał gorącą zupę i 800 gramów chleba.
Wielki terror
Pierwsze plutony NKWD wyposażone w listy z nazwiskami osób przeznaczonych do aresztowania pojawiły się w miastach i wsiach dawnej Polski o świcie 10 lutego 1940 roku. Zachowane świadectwa dowodzą, że cała procedura przebiegała dokładnie według regulaminu Berii: dowódca oddziału walił w drzwi (a gdy mu nie otworzono, to strzelał), wzywał ojca rodziny i oznajmiał, że zostają wywiezieni. Kazał w ciągu pół godziny zebrać najważniejsze rzeczy, spakować do jednej walizki, wziąć ciepłe ubrania i „być gotowym". Aby żaden z członków rodziny nie uciekł, porządku pilnowało kilku enkawudzistów uzbrojonych w broń maszynową.