Pod koniec lutego 1799 r. Francuzi toczyli zacięte walki z Mamelukami w Gazie, zakończone ostatecznie zwycięstwem wojsk napoleońskich. 3 marca Napoleon dotarł do Jaffy, w której, jak donosili zwiadowcy, ukrywało się ok. 12 tysięcy żołnierzy tureckich. W rzeczywistości, jak pisał Doguereau: „Byli tam Maghrebczycy, Albańczycy, Kurdowie, Anatolijczycy, Ormianie, Damasceńczycy, Alepczycy i Murzyni z Takrouru”.
7 marca Napoleon napisał list do dowództwa obrony Jaffy, w którym uprzejmie poprosił o kapitulację. W płaczliwym tonie napisał: „Serce mi się trwoży na myśl o tym, jakie nieszczęścia spadną na miasto, jeśli dojdzie do szturmu”. Nie kłamał. Pamiętał doskonale, co się działo w Kairze pół roku wcześniej.
Wówczas Egipcjan nazwał „głupią, nędzną i tępą” ludnością. Kairczyków określił jako „najbardziej nikczemnych ludzi na świecie”. Wszelkie objawy buntu przeciw władzy francuskiej kazał karać nieproporcjonalnie surowo w stosunku do czynów. 1 sierpnia 1798 roku napisał w liście do szefa sztabu Louisa-Alexandre'a Berthiera, że należy bezwzględnie i surowo upokorzyć mieszkańców zbuntowanego egipskiego miasta Damanhour. W tym celu zastosował metodę, którą Niemcy znacznie „udoskonalą” na obszarach okupowanych w czasie II wojny światowej – kazał wybrać pięciu najbardziej wpływowych i cieszących się ogólnym szacunkiem mieszkańców i ściąć ich publicznie. To morderstwo miało zasiać strach przed francuskimi najeźdźcami. Nie miało znaczenia, kim byli owi nieszczęśnicy – przeciwnikami czy zwolennikami Korsykanina. Ich śmierć była zbrodniczym aktem zbiorowej represji na niewinnych ludziach.
Kiedy w odpowiedzi na swój list ujrzał na murach wystawioną przez obrońców nadzianą na kij głowę francuskiego posła, dostał szału. Nakazał swoim ludziom uderzyć w wyłomy miasta i zabijać każdego, kogo napotkają. Sam przyznał się potem w liście, że dał żołnierzom 24 godziny pełnej swobody mordowania, gwałcenia i rabowania. Jeden z francuskich uczonych towarzyszących Napoleonowi wspominał z trwogą: „Widok był straszny! Odgłosy wystrzałów, wrzaski kobiet i ojców, stosy ciał, córka gwałcona na zwłokach matki, odór krwi, jęki rannych, krzyki zwycięzców kłócących się o łupy” – oto było dzieło człowieka uważanego za Prometeusza postępowej ludzkości. Jak to ujął jeden z weteranów kampanii egipskiej: „Wielka armia syciła się krwią i złotem na górze trupów”.
Nie był to jednak koniec krwawej jatki. Wbrew wszelkim uznanym zasadom wojennym Napoleon postanowił rozliczyć się z obrońcami Jaffy. Pod eskortą żołnierzy z dywizji Bona 9 i 10 marca tysiące jeńców zostały zaprowadzone na plażę znajdującą się dwa kilometry na południe od Jaffy. To, co się później wydarzyło, najbardziej przejmująco opisał w liście do matki starszy kwatermistrz Louis-André Peyrusse: „Około 3 tysięcy ludzi złożyło broń i na rozkaz głównodowodzącego odprowadzono ich do obozu. Rozdzielono od siebie Egipcjan, Maghrebczyków i Turków. Wszystkich Maghrebczyków zaprowadzono następnego dnia nad brzeg morza i dwa nasze bataliony zaczęły ich rozstrzeliwać. Nie mieli innego sposobu na ocalenie życia, jak rzucić się do morza. Tam jednak również można było do nich strzelać… Kilku miało jednak szansę uratować się na skałach. Wysłano żołnierzy na łodziach, żeby ich wykończyli bagnetami”.
