Urodził się na Morawach, w rodzinie austriackiej, ale wielki wpływ na jego wychowanie miał ojczym Polak. Za jego sprawą podjął studia przyrodnicze na Uniwersytecie Lwowskim. W czasie I wojny światowej został wcielony do armii austriackiej jako specjalista w dziedzinie parazytologii (nauka o pasożytach) i wtedy postawił sobie za cel pokonanie tyfusu.
Odkrył, że produkcja szczepionki może się odbywać dzięki zastosowaniu ludzkiej krwi – człowiek musi się stać karmicielem wszy. W latach 30. ubiegłego wieku we Lwowie powstał Instytut Tyfusowy, jedyna tego rodzaju placówka na świecie. Pracowały dla niego setki ludzi. W czasie II wojny było to zajęcie, które wielu osobom uratowało życie, bo Niemcy cenili profesora i produkcję szczepionki dla niemieckiej armii uważali za sprawę priorytetową. Mylili się jednak, sądząc, że cenny lek trafia jedynie do nich. Profesor i jego współpracownicy przemycali lek dla polskich partyzantów i mieszkańców żydowskich gett.
– Dokumenty, które dostawaliśmy i które nas chroniły, to była największa zapłata – wspomina jeden z karmicieli, dziś profesor Uniwersytetu w Winsconsin.
Instytut zatrudniał m.in. matematyka Stefana Banacha, poetę Zbigniewa Herberta, kompozytora i dyrygenta Stanisława Skrowaczewskiego, aktora Andrzeja Szczepkowskiego, pisarza i dyplomatę Mirosława Żuławskiego. Syn tego ostatniego, reżyser Andrzej Żuławski, pokazał w filmie „Trzecia część nocy” kolejne etapy produkcji szczepionki. Po wojnie siostrzane instytuty powstały też na innych kontynentach – w Azji, Afryce i Australii.
W 1944 roku Rudolf Weigl odrzucił ofertę wyjazdu do Niemiec i profesury w Berlinie, po wojnie podziękował za podobną propozycję z Moskwy. Został w Polsce i objął Katedrę Bakteriologii na Uniwersytecie Jagiellońskim. Był jednak rozczarowany brakiem akceptacji ze strony komunistycznych władz i niesnaskami w środowisku naukowym – o czym w ciekawym filmie Haliny Szymury opowiada synowa profesora.
