Nawet opozycja podzieliła się z powodu określenia zaangażowania władz w zabójstwo. Większość – na czele z przyjaciółmi Niemcowa: Władimirem Miłowem i Alfredem Kochem – uważa, że prezydent Putin jest bezpośrednio odpowiedzialny za śmierć byłego wicepremiera.
Część jednak mówi tylko o pośredniej odpowiedzialności. „Nie istnieje taki Putin, który wydałby rozkaz zabicia (Niemcowa); istnieje natomiast Putin, który stworzył piekielnego Terminatora i stracił nad nim kontrolę" – uważa związana z opozycją dziennikarka Ksenia Sobczak.
Natomiast przedstawiciel władz, minister Siergiej Ławrow nazwał „świętokradztwem próby polityzacji zabójstwa". Według niepotwierdzonych informacji policja za podstawowe uważa wersje zabójstwa związane ze sprawami ukraińskimi (Niemcow ostro sprzeciwiał się wojnie z Ukrainą), „ślad muzułmański" (zabity wyrażał solidarność z ofiarami mordu w „Charlie Hebdo") oraz „biznesowej działalności zabitego" – choć takowej on nie prowadził.
Chaos na moście
Żaden z dotychczasowych śladów nie doprowadził w pobliże sprawców. Złapanych w centrum miasta właścicieli białego samochodu (który miał być używany przez mordercę) wypuszczono, ponieważ nie mieli nic wspólnego ze sprawą. Wieczorem jedna z moskiewskich telewizji poinformowała, że jednak znaleziono właściwy samochód – ZAZ, czyli dawne daewoo lano produkowane teraz na Ukrainie.
Tym samochodem mordercy (bowiem śledczy przyjęli, że musiało być ich kilku) przez miesiąc śledzili Niemcowa, gdy był w Moskwie. Teraz policjanci twierdzą, że zabójstwa dokonali „ludzie z Kaukazu". Wcześniej jednak szefem śledztwa mianowano generała Jurija Krasnowa, specjalistę od rosyjskich nacjonalistów, a nie od kaukaskich gangów.