Nawet opozycja podzieliła się z powodu określenia zaangażowania władz w zabójstwo. Większość – na czele z przyjaciółmi Niemcowa: Władimirem Miłowem i Alfredem Kochem – uważa, że prezydent Putin jest bezpośrednio odpowiedzialny za śmierć byłego wicepremiera.
Część jednak mówi tylko o pośredniej odpowiedzialności. „Nie istnieje taki Putin, który wydałby rozkaz zabicia (Niemcowa); istnieje natomiast Putin, który stworzył piekielnego Terminatora i stracił nad nim kontrolę" – uważa związana z opozycją dziennikarka Ksenia Sobczak.
Natomiast przedstawiciel władz, minister Siergiej Ławrow nazwał „świętokradztwem próby polityzacji zabójstwa". Według niepotwierdzonych informacji policja za podstawowe uważa wersje zabójstwa związane ze sprawami ukraińskimi (Niemcow ostro sprzeciwiał się wojnie z Ukrainą), „ślad muzułmański" (zabity wyrażał solidarność z ofiarami mordu w „Charlie Hebdo") oraz „biznesowej działalności zabitego" – choć takowej on nie prowadził.
Chaos na moście
Żaden z dotychczasowych śladów nie doprowadził w pobliże sprawców. Złapanych w centrum miasta właścicieli białego samochodu (który miał być używany przez mordercę) wypuszczono, ponieważ nie mieli nic wspólnego ze sprawą. Wieczorem jedna z moskiewskich telewizji poinformowała, że jednak znaleziono właściwy samochód – ZAZ, czyli dawne daewoo lano produkowane teraz na Ukrainie.
Tym samochodem mordercy (bowiem śledczy przyjęli, że musiało być ich kilku) przez miesiąc śledzili Niemcowa, gdy był w Moskwie. Teraz policjanci twierdzą, że zabójstwa dokonali „ludzie z Kaukazu". Wcześniej jednak szefem śledztwa mianowano generała Jurija Krasnowa, specjalistę od rosyjskich nacjonalistów, a nie od kaukaskich gangów.
Towarzysząca Niemcowowi w piątek w nocy 24-letnia ukraińska modelka Anna Duricka (przetrzymywana przez policję w nieformalnym areszcie domowym) nie była w stanie ani opisać mordercy (który znajdował się za jej plecami), ani samochodu, jakim uciekł – choć początkowo mówiła, że był to ford. Na jedynym dostępnym nagraniu widać, że po moście w pobliżu miejsca zabójstwa jeździła maszyna do odśnieżania – choć w mieście nie było śniegu.
Odnaleziony po dwóch dniach jej kierowca o imieniu Siergiej zapewnia, że widział jedynie ciało polityka na trotuarze i nic ponadto, ponieważ „zajęty był pracą". Zauważył co prawda wzburzoną kobietę, która podbiegła do niego, krzycząc, że zastrzelono jej przyjaciela. Poradził jej, by zadzwoniła na policję, podał jej numer i pojechał dalej. Niczego nie zauważyły również policyjne posterunki stojące pod cerkwią Wasyla Błażennego (na północnym brzegu rzeki) i u południowego wylotu mostu.
Skandal za skandalem
Żadne inne nagrania nie są zaś dostępne, gdyż – jak napisała gazeta „Kommiersant" – kamery w najbardziej strzeżonym miejscu Rosji jak na komendę zepsuły się w piątek wieczór. Władze miejskie natychmiast zaprzeczyły, by ich monitoring uległ awarii. Ale dziennikarze wskazali na kamery na kremlowskiej Wieży Beklemiszewskiej skierowane wprost na miejsce zabójstwa. Meria Moskwy natychmiast poinformowała, że ten monitoring podlega wyłącznie FSO (odpowiednik rosyjskiego BOR). Ta ostatnia służba zapewniła zaś, że jej kamery są skierowane wyłącznie do wewnątrz Kremla, a nie na zewnątrz („na terytorium, za jakie FSO nie odpowiada"), choć każdy turysta może obejrzeć je sobie sterczące ze szczytów kremlowskich baszt na wszystkie strony.
Zabójstwo Niemcowa już się przerodziło w skandal międzynarodowy. W czasie niedzielnej manifestacji moskiewska policja aresztowała deputowanego ukraińskiego parlamentu Ołeksija Honczarenkę. Początkowo zatrzymanie tłumaczono tym, że stawiał on opór policji; potem – koszulką z podobizną Niemcowa, jaką włożył. Faktycznie deputowanego jako człowieka niebezpiecznego wskazał policjantom jeden z separatystycznych działaczy z Charkowa (który uciekł do Rosji). Deputowanego w końcu wypuszczono, ale i tak była to kropla, która przepełniła czarę: Kijów odwołał swojego ambasadora z Moskwy (rosyjski opuścił Kijów tydzień wcześniej). Ukraińskie władze żądają też od Rosji wypuszczenia Anny Durickiej przetrzymywanej bezprawnie w czymś w rodzaju aresztu domowego oraz oficera Nadii Sawczenko.
Wtorkowy pogrzeb Borysa Niemcowa również stał się skandalem, i to zanim do niego doszło. Sąd w Moskwie nie zgodził się wypuścić na niego innego przywódcę opozycji – Aleksieja Nawalnego, który 19 lutego został skazany na dwa tygodnie aresztu za rozrzucanie ulotek w metrze. Sędzia uznała, że zamordowany nie był „osobą bliską Nawalnemu".
Jednocześnie rosyjskie władze nie zgodziły się na przyjazd przewodniczącego polskiego Senatu Bogdana Borusewicza.
