Sprawa tego rodzaju trafiła do NSA (sygn. akt II OSK 1569/12) po raz pierwszy, lecz kormorany już od dawna są powodem konfliktów.
Od czasu kiedy uratowano je od zagłady jako ginący w Europie gatunek, znacznie się rozmnożyły. Z 1,5 tys. par lęgowych kormorana czarnego w Polsce ich populacja wzrosła w ciągu następnych 20 lat do 15 tys. par, a w 2010 r. do ponad 27 tys. par. Wraz z liczebnością ptaków przybywało oskarżeń o niszczenie drzew, na których zakładały gniazda, a zwłaszcza o wyjadanie ryb ze stawów hodowlanych. Rozporządzenie ministra środowiska z 2004 r. w sprawie gatunków dziko występujących zwierząt objętych ochroną, które przewidywało ochronę częściową dla kormoranów, wyłączyło właścicieli takich stawów z obowiązku uzyskiwania zezwolenia na ich odstrzał i płoszenie.
W 2011 r., w związku z unijną dyrektywą ptasią, rozporządzenie zmieniono, i od tej pory nie ma już żadnych wyjątków od obowiązku uzyskiwania zezwoleń zarówno na odstrzał, jak i na wszelkie inne metody redukcji liczebności kormoranów.
Z danych uzyskanych z Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska wynika, że w 2012 r. wpłynęły do regionalnych DOŚ łącznie 222 wnioski na odstrzał czapli, kormoranów i wydr. Wydano 208 pozwoleń, w tym 133 na kormorany. Na ich podstawie zabito 6150 tych ptaków. Od stycznia do sierpnia 2013 r. GDOŚ wydała tylko jedną decyzję zezwalającą na odstrzał 100 kormoranów. Ale w tym samym czasie regionalne dyrekcje ochrony środowiska wydały 84 decyzje na odstrzał 2398 kormoranów. 14 zezwoleń na odstrzał 1268 kormoranów wydała RDOŚ w Olsztynie. RDOŚ w Gorzowie Wlkp. 12 decyzji na zabicie 326 tych ptaków, a RDOŚ w Opolu na uśmiercenie 260.
W 2011 r. o zezwolenie na odstrzał 50 i przepłaszanie 450 kormoranów czarnych znad Sanu wystąpił m.in. prezes zarządu Okręgu Polskiego Związku Wędkarskiego w Przemyślu. Regionalny dyrektor ochrony środowiska w Rzeszowie wyraził zgodę jedynie na ograniczony odstrzał w okresie jesienno-zimowym 20 kormoranów czarnych i nie zgodził się na płoszenie. Odstrzelone ptaki miały być przekazane placówkom badawczym do badań treści pokarmowej. RDOŚ uzasadnił wydanie ograniczonego zezwolenia faktem, że teren objęty wnioskiem leży na obszarach Natura 2000, specjalnej ochrony ptaków, parku krajobrazowego i chronionego krajobrazu. W obszarze Natura 2000, który obejmuje głównie koryto Sanu i nadbrzeżne łęgi, ochronie podlegają przede wszystkim ryby, które są pokarmem dla kormoranów. Chronione jest też 29 gatunków ptaków.