Muzeum zbudowane zostanie w latach 2014-2016 dzięki 18 mln zł dofinansowania z Programu „Konserwacja i rewitalizacja dziedzictwa kulturowego". Budynek nowego muzeum stanie w ogrodzie niedawno otwartego oddziału MNK - Muzeum Emeryka Hutten-Czapskiego, dziadka Józefa, twórcy cennej kolekcji numizmatycznej. W Pawilonie odwzorowany zostanie pokój Józefa Czapskiego w skali 1:1 przeniesiony wraz z pamiątkami z mieszkania w podparyskim Maisons-Laffitte, zarazem siedziby redakcji „Kultury".
Znajdzie się tu także stała ekspozycja malarstwa Józefa Czapskiego, której scenariusz opracowuje Krystyna Zachwatowicz z zespołem, sala wystaw czasowych z prezentacją malarstwa Komitetu Paryskiego, ugrupowania, które silnie oddziałało na sztukę polską i sala biograficzna malarza.
Badacze będą mogli korzystać tu z gromadzonego przez 50 lat archiwum artysty, m.in. z Dzienników i korespondencji. Zaplanowano też konserwację księgozbioru, Dzienników (łącznie około 700 woluminów), mebli i innych obiektów. Część literackiego zbioru zostanie zdigitalizowana i udostępnione on-line.
3 kwietnia Muzeum Narodowe świętuje 118 rocznicę urodzin Józefa Czapskiego. Przypomina przy okazji, że na mocy testamentu artysty pozyskało w 1994 roku bogate archiwum Józefa i Marii Czapskich ,
W latach 2008–2010 zbiór powiększyła kolejna partia darów jego siostrzeńca Jana Przewłockiego. Obejmowały rękopisy, fotografie, korespondencje ((w tym listy Czesława Miłosza, Sławomira Mrożka, Konstantego Jeleńskiego, Daniela Halévy'ego), jak i korespondencję rodzinną od połowy XIX wieku, m.in. Emeryka Hutten-Czapskiego, Stackelbergów, Meyendorffów i Thunów. W 2006 roku Muzeum Narodowe w Krakowie uzyskało również w darze od Adeli i Władysława Żeleńskich z Paryża dwa obrazy olejne i cztery rysunki Józefa Czapskiego (można je oglądać w Galerii Sztuki Polskiej XX wieku w Gmachu Głównym).
