Ta afera w kręgach PiS ma już swoją nazwę – marszałkowska. To od stanowiska marszałka Sejmu, które w 2007 r. zajął Bronisław Komorowski po zwycięstwie PO nad PiS. Politycy Platformy mieli przeświadczenie, że rząd PiS szukał na nich haków. Z kolei oddający władzę Jarosław Kaczyński był przekonany, że PO ukryje afery, wykryte przez specsłużby za czasów PiS.
Największe emocje budziły WSI oraz tzw. aneks do raportu z ich likwidacji. Sam raport – przygotowany przez Antoniego Macierewicza – ukazał się jeszcze za rządów PiS, ale nie udało się w nim pokazać, że WSI były głową układu, który kontroluje kraj. Dlatego Macierewicz przygotowuje aneks, gdzie idzie znacznie dalej, uderzając właśnie w Komorowskiego, któremu zarzuca związki z podejrzanymi oficerami WSI. Tyle że aneks ląduje w sejfie prezydenta Kaczyńskiego, który uznaje, że jest w nim za dużo interpretacji, a za mało faktów.
Właśnie rozwiązywania WSI i aneksu dotyczy proces, w którym we czwartek zeznawał prezydent. Prokuratura zarzuca dziennikarzowi Wojciechowi Sumlińskiemu oraz byłemu oficerowi wojskowych służb PRL Aleksandrowi L., że żądali 200 tys. zł za pozytywną weryfikację od płk. WSI Leszka T. W tej sprawie pojawiają się próby samobójcze (Sumliński), nagłe śmierci z przyczyn naturalnych (Leszek T.) i nazwiska najważniejszych polityków w państwie (Komorowski).
Aleksander L. jesienią 2007 r. zgłasza się do Komorowskiego i oferuje dotarcie do aneksu. „Pomyślałem, że to dziwne, bo przecież i tak dostęp jako marszałek Sejmu do aneksu mam" – zeznawał prezydent. Nie wyjaśnił jednak, na jakiej podstawie miał wgląd do ściśle tajnego dokumentu, a wedle ustawy marszałek Sejmu mógł dostać aneks tylko od prezydenta.
Komorowski dodał, że krótko potem zjawił się u niego płk WSI Leszek T., który poinformował, że ma nagrania wiążące się z korupcją wokół komisji weryfikacyjnej WSI – miały to być nagrania obciążające m.in. Aleksandra L., które Komorowski oglądał. Prezydent zeznał, że poinformował o tym ABW i wyłączył się z tej sprawy.