Zbigniew Ćwiąkalski zapewnia, że nie jest przeciwnikiem dotychczasowego ministra sprawiedliwości. Jednak szerzej dał się poznać opinii publicznej właśnie jako totalny krytyk poczynań Zbigniewa Ziobry.
W lutym 2006 stał się znany jako jeden z inicjatorów i sygnatariuszy protestu “przeciw reformom i metodom działania ministra sprawiedliwości”. Bezpośrednią przyczyną było wyrzucenie przez Ziobrę przewodniczącego Komisji Kodyfikacyjnej Prawa Karnego prof. Stanisława Waltosia.
Od tamtej pory Ćwiąkalski wielokrotnie zabierał głos, krytykując posunięcia resortu sprawiedliwości. Atakował m.in. Władysława Mąciora, mentora ministra Ziobry i współtwórcę reformy kodeksu karnego. Razem z prof. Andrzejem Zollem zarzucał mu służalczość wobec PZPR.
Sam Ćwiąkalski był zresztą jako prawnik zaangażowany aktywnie w obronę ludzi, przeciwko którym Ziobro wytoczył najcięższe armaty. To on jest obrońcą Henryka Stokłosy ukrywającego się przed wymiarem sprawiedliwości. Na prośbę mecenasa Krzysztofa Bachmińskiego napisał również analizę dowodzącą, że nie można postawić Ryszardowi Krauzemu zarzutów karnych. Profesor pytany, czy nie będzie to stanowiło konfliktu interesu, gdyby został ministrem sprawiedliwości, mówi: – Gdybym został ministrem, zrezygnowałbym z aktywności jako adwokat. Zapewnia, że jako prokurator generalny nie zamierza wpływać na pracę podległych mu śledczych. – Opowiadam się zresztą za rozdzieleniem funkcji ministra od zwierzchnictwa nad Prokuraturą Generalną – dodaje prof. Ćwiąkalski.
Ten krakowski prawnik dla Zbigniewa Ziobry mógłby uchodzić za klasycznego przedstawiciela korporacji prawniczej. Syn przedwojennego sędziego, ojciec dwojga dzieci, również prawników. Jego żona, choć jest socjologiem, pracuje w katedrze prawa. – Jestem za szerszym dostępem do zawodów prawniczych. Jednak nie może się to dziać kosztem obniżenia jakości porad prawnych, a do tego w rezultacie prowadziły zmiany proponowane przez ministra Ziobrę – uważa.
