Tak było w 2003 roku, gdy skrytykował prezydenta USA George’a W. Busha za interwencję w Iraku i przyrównał go do Stalina. Później gdy Bush przyjechał do Polski i odwiedził Kraków, Majchrowski dostał zakaz witania go na lotnisku. To z powodu Majchrowskiego pracę stracił szef małopolskiej policji Adam Rapacki. Media informowały, że został odwołany ze stanowiska, bo nie chciał się zgodzić na podsłuchiwanie krakowskich urzędników, w tym prezydenta. A kilka dni temu to właśnie o Majchrowskiego wybuchła w nowym Sejmie jedna z pierwszych awantur między koalicją a PiS.
Poszło o ponowny wybór Majchrowskiego na kolejną kadencję do Trybunału Stanu. Politycy PiS zarzucili mu, że ucieka przed odpowiedzialnością karną, chowając się za immunitetem sędziego.
– Majchrowski nie powinien startować do Trybunału. Najpierw musiałby wyjaśnić wszelkie sprawy, które nagromadziły się wokół niego. A jest tego sporo – mówi Bolesław Kosior, przewodniczący klubu krakowskich radnych PiS. I przypomina, że prokuratura chciała postawić zarzut Majchrowskiemu, ale nie mogła, bo chronił go immunitet sędziego Trybunału Stanu. O co chodzi? O niepowiadomienie prokuratury o próbie korupcji. Sprawa ma związek z krakowskim biznesmenem, który w 2003 roku proponował jednemu z krakowskich polityków stanowisko w zamian za korzyści majątkowe. Zbigniew B. powoływał się przy tym na prezydenta Majchrowskiego.
Prezydenta Krakowa irytują oskarżenia PiS. – Nie będę się ustosunkowywał do paranoicznych wystąpień, że chcę się ukryć za immunitetem – mówi zdenerwowanym głosem. Przypomina, że Trybunał Stanu przeprowadził rozprawę z udziałem prokuratora Jerzego Engelkinga i obrońców. Po czym jednogłośnie wypowiedział się przeciwko uchyleniu mu immunitetu.
PiS zarzuca też Majchrowskiemu, że współpracował z SB. Rzeczywiście jego nazwisko figuruje w zasobach IPN. Z materiałów Instytutu wynika, że prezydent Krakowa został zarejestrowany w 1975 roku przez wywiad PRL. We wrześniu „Gazeta Polska” napisała, że Majchrowski w latach 70. doniósł do SB na swoją studentkę Lilianę Sonik. Miała przekazać mu ulotkę wydaną przez demokratyczną opozycję.