Istota merytoryczna kontroli skarbowej sprowadza się do zweryfikowania rzetelności zadeklarowanej podstawy opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i regulowania podatków, ujawnienie nie zgłoszonej do opodatkowania działalności gospodarczej w tym wykrycie zatajonych dochodów (nieujawnione źródła), kontrolę celowości i zgodności z prawem gospodarowania środkami pochodzącymi z budżetu państwa środkami państwowych jednostek budżetowych i państwowych jednostek gospodarki pozabudżetowej oraz środkami państwowych funduszy celowych. Działania organów podatkowych służą ochronie interesów i praw majątkowych Skarbu Państwa.