VAT należny i naliczony mają różne terminy przedawnienia. To komplikuje kwestię rozliczeń i powoduje, że prawo do złożenia korekty deklaracji zależy od jej przyczyny. Na krajowe regulacje należy przy tym spojrzeć przez pryzmat zasady neutralności VAT i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w tym zakresie.
Instytucja przedawnienia zobowiązania podatkowego została uregulowana w art. 70 § 1 ordynacji podatkowej. Co do zasady zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Oczywiście bieg tego terminu może w określonych sytuacjach zostać zawieszony lub przerwany. Ważne jest to, że nie znajduje do niego zastosowania instytucja przywrócenia terminu.