W większości przypadków szansę na pozytywne zakończenie sporu z organami podatkowymi daje dopiero zaskarżenie niekorzystnej decyzji do sądu administracyjnego. Niestety, wiąże się to z koniecznością poniesienia wydatków. I nie chodzi tylko o koszty procesu związane ze stawiennictwem na rozprawie i ustanowieniem profesjonalnego pełnomocnika. Głównym wydatkiem związanym z zaskarżeniem decyzji podatkowej jest wpis sądowy. Jest to opłata sądowa pobierana od pism wszczynających postępowanie przed sądem w danej instancji. Pismami tymi są skarga, skarga kasacyjna, zażalenie oraz skarga o wznowienie postępowania.
Od wpłacenia wpisu zależy los sprawy. W praktyce nieuiszczenie go zamyka skarżącemu drogę do dochodzenia swoich racji przed sądem.
W sprawach podatkowych z reguły konieczne będzie uiszczenie tzw. wpisu stosunkowego (patrz ramka). Pobiera się go w sprawach, w których przedmiotem zaskarżenia są należności pieniężne. Zależy on od wysokości należności objętej zaskarżonym aktem, np. decyzją podatkową. Wpis od skargi kasacyjnej oraz od skargi o wznowienie postępowania wynosi połowę wpisu od skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Nie może on być jednak niższy niż 100 zł.
Ponieważ koszty postępowania związane ze swym udziałem w sprawie ponoszą strony, skarżący musi się liczyć z koniecznością wyłożenia pieniędzy z własnej kieszeni. Jeśli jednak wygra, to otrzyma je z powrotem.
Gdy sąd pierwszej instancji uwzględni skargę, skarżącemu przysługuje od organu podatkowego zwrot wszystkich kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw.
