W telewizji coraz częściej gości ojciec Konrad Hejmo, dominikanin, opiekun pielgrzymów, który prowadzi Dom Polski w Rzymie. Stan zdrowia Jana Pawła II cały czas się pogarsza. Otwarty na kontakty z dziennikarzami ojciec Hejmo w ostatnich tygodniach życia Jana Pawła II jest dla nich jednym z niewielu źródeł informacji na temat tego, co się dzieje w poliklinice Gemelli, a później za drzwiami papieskich apartamentów. Ojca Hejmo widzimy też przy okazji uroczystości pogrzebowych Jana Pawła II. Kilkanaście dni później pojawi się w mediach już w nowej roli.
W środę, 27 kwietnia 2005 r., prezes IPN Leon Kieres ogłasza, że ojciec Konrad Hejmo był w latach 70. i 80. tajnym współpracownikiem SB o pseudonimach Hejnał i Dominik. Dla opinii publicznej to szok. Ówczesny prowincjał dominikanów ojciec Maciej Zięba po przejrzeniu akt w IPN mówi, że nie wierzy w pełni świadomą i cyniczną współpracę swojego współbrata. Jednakże decyduje o zawieszeniu Hejmy w obowiązkach dyrektora Domu Pielgrzyma w Rzymie. Powstają dwie komisje – pierwsza powołana przez dominikanów, druga zaś złożona z przedstawicieli episkopatu oraz IPN – które mają zbadać sprawę współpracy ojca Hejmy z SB. Szybko staje się jasne, że sprawa ojca Hejmy podzieli dominikanów.
Szok
W 2006 r. „Życie Warszawy" podało, że wieloletnim współpracownikiem SB był ksiądz Michał Czajkowski. Pod pseudonimem Jankowski donosił na metropolitę wrocławskiego abpa Bolesława Kominka oraz twórców KOR Jacka Kuronia i Jana Józefa Lipskiego. Przekazywał także informacje na temat ks. Jerzego Popiełuszki. Od końca lat 70. jego oficerem prowadzącym był Adam Pietruszka, później oskarżony w procesie w sprawie zabójstwa księdza Popiełuszki. Z ujawnionych dokumentów wynikało, że wstrząśnięty tą zbrodnią ks. Czajkowski zrezygnował ze współpracy.
Sam ks. Czajkowski początkowo zaprzeczył, by świadomie współpracował z SB. Potem, w miarę rozwoju wydarzeń, przypominał sobie jednak coraz więcej. Niespodziewanie do debaty o charakterze jego współpracy włączył się sam pułkownik SB Adam Pietruszka. W upublicznionym liście napisał: „Księże Michale, masz tak wiele zalet, że przy próbie ich wyliczania nie byłoby końca tej liczby. Ale narzucanie swojej wersji współpracy z SB, zredukowanej do minimalizacji albo negacji, nie mieści się w kanonie prawdy elementarnej".
W 2008 r. „Gazeta Polska" ujawniła, że prof. Aleksander Wolszczan w latach 70. i 80. współpracował ze Służbą Bezpieczeństwa. Astronom wydał wtedy oświadczenie: „Organizacja ta – SB – tak samo jak PZPR była nieodłącznym elementem krajobrazu PRL. Wiedziałem, że gdybym zapisał się do PZPR, nie wychylał się w czasie studiów i nie miał takiej pasji do badań naukowych, zapewne nie wpadłbym w tę pułapkę". W TVN 24 powiedział zaś: „Nie wstydzę się tego, co robiłem. Uważam się za wplątanego w sytuację, z którą postanowiłem sobie radzić w taki, a nie inny sposób. To wiem na pewno: nikomu nie zrobiłem krzywdy".
Wolszczan skierował też wyjaśnienia do Larry'ego Ramseya, dziekana wydziału astronomii na Uniwersytecie Pensylwania. Ramsey stwierdził, że uczelnia jest tym usatysfakcjonowana i będzie wspierać profesora w trudnych chwilach. „To niemożliwe, by oceniać sytuacje sprzed 30 lat pod rządami represyjnego reżimu, z którym na szczęście my nie mieliśmy doświadczeń" – stwierdził. Uczelniana gazeta „The Daily Collegian" – przywołując osiągnięcia naukowe Wolszczana – wyjaśniała czytelnikom, że astronom musiał zgodzić się na współpracę, by móc wyjeżdżać do najlepszych ośrodków naukowych na świecie. Dziennikarze uczelnianego pisma podkreślali, że po ujawnieniu przeszłości prof. Wolszczan dostał e-mailem więcej listów ze wsparciem niż z potępieniem. Nieco inaczej zareagowano w Toruniu. Wolszczan złożył rezygnację na ręce rektora, a ten ją przyjął, bo tak zarekomendował mu zespół powołany do zbadania sprawy. Ale zarówno prof. Wolszczan, jak i władze Uniwersytetu Mikołaja Kopernika, wyraziły wolę dalszej współpracy naukowo-badawczej.