Autor Leszek Pietrzak, były pracownik lubelskiego oddziału IPN powtarza znane hipotezy byłego prokuratora tego samego oddziału IPN Andrzeja Witkowskiego. Po raz pierwszy zostały one upublicznione już jesienią 2003 roku. Dwa lata później nagłośnił je w swojej książce i w tekstach publikowanych we „ Wprost” Wojciech Sumliński.
Według hipotezy Witkowskiego ks. Jerzy miałby zginąć nie w nocy z 19 na 20 października 1984 roku, ale 25 października i przez te sześć dni być torturowany. Najpierw przez porywaczy z kpt. Grzegorzem Piotrowskim na czele, a potem przez jakąś nieznaną grupę w bunkrach w rejonie Kazania i to oni mieliby zamordować księdza. Problem w tym, że prokuratorowi Witkowskiemu nie udało się do tej pory udowodnić innego niż znany przebiegu zdarzeń. Ma poszlaki, ale brakuje mu dowodów. Jednym z dowodów miałyby być zeznania rybaków łowiących w Wiśle, którzy widzieli, że jacyś ludzie 25 października 1984 roku wrzucili do wody na tamie we Włocławku duży przedmiot. Nikt nie widział, aby były to zwłoki. Rybak, który miał twierdzić, że widział ciało, nie żyje od kilkunastu lat, zaś jego żona nie potwierdza, aby to mówił. Natomiast zeznania nurków o tym, że 26 października najpierw wyłowili, a po oględzinach ponownie wrzucili do wody zwłoki ks. Jerzego może dowodzić, że władze nie miały doskonałego planu i musiały się przygotować do upublicznienia informacji o śmierci ks. Jerzego.
Nie ma też mocnych podstaw główna hipoteza prokuratora Witkowskiego, że celem uprowadzenia i tortur księdza było jego zwerbowanie i jako agenta wysłanie do Watykanu. Próba się nie udała i dlatego ksiądz musiał zginąć. Tymczasem w momencie uprowadzenia księdza sprawa ewentualnego wysłania przez kurię warszawską księdza na studia do Rzymu była już nieaktualna, o czym SB wiedziała z podsłuchów. Ks. Popiełuszko na wyjazd się nie zgodził. Poza tym, jaki pożytek miałby wywiad z agenta zwerbowanego torturami? Pojawienie się zaś „nieznanych” osobników u lekarki ks. Jerzego 25 października i pytania jej leki, jakie przyjmuje ksiądz nie jest żadnym dowodem na to, że tego dnia jeszcze żył. Czy mamy uwierzyć, że torturujący księdza od sześciu dni osobnicy nagle w przypływie miłosierdzia chcieli mu pomóc, by za chwilę zabić? A może było to ze strony SB i władz celowe podgrzewanie atmosfery i pokazanie, że trwają intensywne poszukiwania księdza i są dokładne wszelkie starania, by odnaleźć go żywego?
Oddziałowa Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu IPN już jakiś czas temu uznała za „nieprawdziwe i bezzasadne” informacje w sprawie rzekomo nowych okoliczności śmierci ks. Popiełuszki. Badania IPN trwa. Z nieoficjalnych informacji nie wynika, by odnalazły się jakiekolwiek informacje, które by potwierdzały hipotezę prokuratora Witkowskiego, jaką opisuje Leszek Pietrzak.
Niedawno, w przeddzień rocznicy zamachu na Jana Pawła II 13 maja 1981 roku dowiedzieliśmy się, że pojawił się jakoby nowy, nieznany dokument Sekretariatu KC Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego, w którym sześciu prominentów z Michaiłem Gorbaczowem zgodziło się, by służby specjalne ZSRR sięgnęły po środki „wykraczające poza dezinformację i dyskredytacje” papieża. Oznaczałoby to de facto zlecenie zamachu. Szum trwał kilka dni. Ale dokumentu jak nie było tak nie ma. Czyżby samo przypomnienie rocznicy zamachu albo śmierci już nie wystarczało, na zainteresowanie nią?
