Mimo obowiązku ustawowego Fundusz Kościelny nie finansuje działalności charytatywnej  i remontów kościołów. W 2010 r. Ministerstwo Finansów zawiesiło dotacje na te cele i od tego czasu pokrywa wyłącznie składki społeczne i zdrowotne na osoby duchowne, których w ubiegłym roku było 20,6 tys. (16,6 tys. księży i sióstr oraz  4 tys. zakonników i misjonarzy). W ubiegłym roku kosztowało to budżet państwa 85 mln 200 tys. zł (szacowano na ponad 89 mln zł). Dla porównania, w 2002 r. składki za duchownych idące z Funduszu kosztowały budżet państwa 66 mln zł.

Choć liczba ubezpieczonych nie rośnie, bo topnieje liczba księży, sióstr i zakonników, państwo musi coraz więcej dokładać do Funduszu, przez który płaci składki duchownym.

Powodem wzrostu kosztów jest wzrost płacy minimalnej, czyli podstawy, od której oblicza się składki.

– Wynagrodzenie to w 1999 r. wyniosło 650 zł, natomiast aktualnie w 2012 r. jest to kwota  1500 zł. A więc składki za duchownych, również te finansowane z Funduszu Kościelnego, obliczane od tej wzrastającej podstawy ich wymiaru, również są wyższe – tłumaczy Radosław Milczarski z biura prasowego ZUS.

Z analizy, jaką ZUS przeprowadził w Funduszu w grudniu ubiegłego roku, wynika, że Fundusz, a więc budżet państwa, płaci także składki blisko trzem tysiącom księży i zakonników, którzy są już ubezpieczeni przez pracodawcę, ale otrzymują miesięcznie pensję niższą niż kwota wynagrodzenia minimalnego, czyli 1,5 tys. zł.

– Ta grupa posiada tzw. zbieg ubezpieczeń, a więc więcej niż jeden tytuł rodzący obowiązek ubezpieczeń emerytalnego i rentowych – mówi Radosław Milczarski.

Dzięki temu średnia emerytura duchownych (księży, zakonników i sióstr), którą wypłaca ZUS blisko 7 tysiącom duchownych, w tym roku wynosi niespełna tysiąc złotych – dla porównania najniższa emerytura jest o około 300 zł niższa.

W 1950 r. rząd zobowiązał się, że dochody z użytkowania przejętego majątku będzie wpłacał na Fundusz Kościelny. Pieniądze miały być przeznaczane na działalność charytatywną i wychowawczo-społeczną Kościoła (np. ochronki przy parafiach) oraz remonty zabytków kościelnych. Ale od dwóch lat Ministerstwo Finansów nie przeznacza pieniędzy na ten cel. W ostatnim roku, kiedy przekazywał pieniądze, w 2009 r. na remonty obiektów sakralnych przeznaczył blisko 3 mln zł, wspomaganie działalności opiekuńczo-wychowawczej niespełna milion zł oraz 650 tys. zł na działalność wychowawczo-edukacyjną. Rok wcześniej było to w sumie ponad 13 mln zł.

Ponad rok temu funkcjonowanie Funduszu pod kątem przyznawania dotacji skontrolowało MSWiA.

Obecna próba wprowadzenia zmian ustawy o powołaniu Funduszu Kościelnego (proponowana przez ministra administracji i cyfryzacji Michała Boniego – likwidacja Funduszu w zamian za możliwość odpisywania 0,3 proc. z PIT zainteresowanego podatnika na rzecz Kościoła) nie jest nowa. Już w listopadzie 2007 r. w resorcie spraw wewnętrznych  i administracji powstał projekt zmiany ustawy. Jednak mimo spotkań ze stroną kościelną ustawa nie została ruszona. Od roku 2009 biskupi proponowali rządowi, by w zamian za pieniądze przekazywane na Fundusz państwo pozwoliło odpisywać część podatku dla Kościołów wzorem Hiszpanii czy Włoch.

Kontrola w Funduszu Kościelnym pod kątem przekazywania dotacji wykazała, że nie przeprowadzono wizji lokalnych z efektów finansowanych remontów. Rozliczano je na podstawie przesyłanych przez beneficjentów faktur, a podpisywali je szeregowi pracownicy Departamentu ds. Wyznań w MSWiA, co było niezgodne z procedurami. Kontrola resortu w uzasadnieniu oceniła negatywnie sposób przydzielania dotacji pod kątem gospodarności – np. nie uzasadniano wysokości przyznawanej dotacji.