Firma jest czynnym podatnikiem VAT i prowadzi działalność gospodarczą m. in. w zakresie świadczenia usług rachunkowo-księgowych oraz doradztwa podatkowego, opodatkowanych podstawową stawką VAT. Zawarła z Polską Agencją Rozwoju Przedsiębiorczości (PARP) umowę o udzielenie wsparcia na świadczenie usług doradczych w punktach konsultacyjnych. W umowie tej zobowiązała się do świadczenia usług w zakresie projektu polegającego na zapewnieniu usług rozwoju firmy dla przedsiębiorców oraz osób zamierzających rozpocząć działalność. Umownie uregulowano także zasady dofinansowania. Odpłatność za usługę wchodzącą w zakres projektu, uiszczana przez klienta, ma obejmować co najmniej 10 proc. kosztów jej wyświadczenia. Pozostała część ma być pokrywana ze wsparcia, przy czym do 85 proc. kwoty wsparcia będzie pochodzić ze środków EFS, a minimalnie 15 proc. ze środków krajowych. Jednocześnie przewidziano maksymalną wartość wydatków poniesionych w związku z realizacją projektu i zobligowano wnioskodawcę, aby ich wartość związana ze świadczeniem każdej usługi doradczej nie przekroczyła kwoty X zł brutto za godzinę jej wykonywania.
Podatniczka wybrała rozliczanie w projekcie jedynie wydatków na wynagrodzenia wraz z pochodnymi od wynagrodzeń osób zaangażowanych bezpośrednio w realizację projektu (niektórzy konsultanci nie są jej pracownikami i wystawiają faktury VAT za doradztwo). Zapytała czy wsparcie przeznaczone na finansowanie wydatków kwalifikujących się do objęcia nim, udzielone z projektu systemowego PARP, podlega opodatkowaniu VAT i czy przysługuje jej prawo do odliczenia podatku naliczonego od całości nabytych od konsultantów usług świadczonych w ramach projektu.
Sama uważała, że kwota dotacji nie podlega opodatkowaniu i przysługuje jej prawo do odliczenia VAT od całości nabytych usług świadczonych przez konsultantów, bez względu na źródło finansowania tych wydatków.
Fiskus zgodził się z podatniczką co do prawa do odliczenia VAT, ale nie przyznał jej racji w zakresie przedmiotu opodatkowania. Uznał, że wypłacane dotacje mają bezpośredni wpływ na cenę usługi i stanowią obrót.
Racji nie przyznał skarżącej ani WSA w Szczecinie, ani Naczelny Sąd Administracyjny.