W październiku 2017 roku prokuratura poinformowała, że przyczyną pożaru było zwarcie instalacji elektrycznej. Ogień pojawił się na piątym poziomie wieży, nad dzwonami, a następnie przeniósł się na wyższe kondygnacje. W sprawie pożaru oskarżeni zostali księża Zbigniew S. i Zbigniew K. - były i obecny proboszcz parafii. Zdaniem prokuratury byli odpowiedzialni za wiele zaniedbań, do jakich doszło w katedrze. W świątyni nie przeprowadzono było przeglądu instalacji elektrycznej oraz nie działał system powiadamiania pożarowego. Nie opracowano także procedur związanych z ewakuacją.
Ks. Zbigniew S., były proboszcz, przyznał się do winny i dobrowolnie poddał się karze. W sierpniu 2019 roku sąd skazał go na rok więzienia w zawieszeniu na dwa lata oraz 7 tys. złotych grzywny. W toku jest apelacja ks. Zbigniewa K., po tym, jak we wrześniu zeszłego roku w pierwszej instancji usłyszał taki sam wyrok w zawieszeniu, jak jego poprzednik, oraz dwukrotnie większą grzywnę.
- Jeśli oskarżonym w procesie po pożarze katedry jest jej proboszcz, to na ławie oskarżonych nie powinien on siedzieć sam - powiedział w rozmowie z „Gazetą Lubuską” Marek Surmacz, informując o złożeniu w prokuraturze „zawiadomienia o podejrzeniu popełnienia przestępstwa w związku z zaniechaniem prawidłowego postępowania przez Państwową Straż Pożarną, w tym komendanta miejskiego PSP i lubuskiego komendanta wojewódzkiego PSP w latach 2007-2017”.
„Z toczącego się postępowania wynika, że Państwowa Straż Pożarna dysponowała pełnymi informacjami o stanie zabezpieczeń przeciwpożarowych w budynku katedry gorzowskiej, w tym niewykonaniu postanowienia komendanta wojewódzkiego dotyczącego zabezpieczeń przeciwpożarowych na wieży katedralnej. W związku z powyższym, moim zdaniem, doszło do szeregu zaniedbań dokonanych przez Państwową Straż Pożarną, których skutkiem było otrzymywanie się zagrożenia dla zdrowia i życia wielu osób przez 10 lat” - napisał Surmacz w zawiadomieniu.