SKW ma w swoich ustawowych zadaniach m.in. analizowanie i zwalczanie zagrożeń mogących mieć znaczenie dla obronności państwa, bezpieczeństwa lub zdolności bojowej Sił Zbrojnych i MON. Pozyskane informacje ma obowiązek przekazywać ministrowi obrony, prezydentowi RP i premierowi.
Służba powinna więc nie tylko ochraniać kontrwywiadowczo 36. Specjalny Pułk Lotnictwa Transportowego, który wozi najważniejsze osoby w państwie, ale też alarmować o nieprawidłowościach ministra obrony. Tymczasem Bogdan Klich po złożeniu dymisji w związku z raportem komisji Jerzego Millera badającej katastrofę smoleńską mówił dziennikarzom, że nic nie wiedział o złej sytuacji w 36. specpułku. Czy faktycznie tak było? Czy SKW nie informowała szefa MON o sytuacji w jednostce?
Z raportu komisji Millera wynika, że sytuacja w pułku była katastrofalna: ciągle łamano procedury bezpieczeństwa, a nawet fałszowano dokumenty nadające uprawnienia załodze. Piloci byli eksploatowani ponad miarę, często latali bez odpoczynku. Ich zwierzchnicy nie reagowali. Dowództwo Sił Powietrznych przeprowadzało kontrole w elitarnej jednostce, ale nie dopatrzyło się nieprawidłowości. Wprost przeciwnie – generałowie jeszcze naciskali, by jak najszybciej szkolić i jak najwięcej latać.
Gen. Janusz Nosek, szef SKW, odmówił rozmowy z „Rz" na ten temat. Płk Krzysztof Dusza, dyrektor jego gabinetu, wyjaśnia, że „Służba Kontrwywiadu Wojskowego nie udziela informacji na temat prowadzonych przez swoich funkcjonariuszy i żołnierzy czynności operacyjno-rozpoznawczych". Podkreśla jednak, że „do zakresu zadań SKW nie należy kontrola ani nadzór nad działalnością szkoleniową prowadzoną w jednostkach wojskowych".
Komisja do spraw Służb Specjalnych w trybie pilnym zażąda wyjaśnień od szefa SKW - Janusz Krasoń, wiceszef komisji