Polska nie przeprowadziła oceny oddziaływania programu na środowisko. Program został ustanowiony w 2001 r. i ma na celu zabezpieczenie przed powodziami pięciu województw (lubelskie, małopolskie, podkarpackie, śląskie i świętokrzyskie). Komisja Europejska podkreśla, że ocena wpływu nie została przeprowadzona, mimo że program obejmie wody i obszary Natura 2000. Przeprowadzenia takiej oceny wymaga dyrektywa w sprawie strategicznej oceny oddziaływania projektów inwestycyjnych na środowisko.
Spośród 410 projektów zawartych w programie zapobiegania powodziom na Wiśle 120 ma „znaczący" wpływ na 50 różnych obszarów Natury 2000. Przy takim wpływie na obszary chronione wymagane są: szczególne uzasadnienie projektów nadrzędnym interesem publicznym, przeanalizowanie alternatyw i środki kompensacyjne, zgodnie z dyrektywą siedliskową – wskazuje KE.
W tym przypadku nie zostało to zrobione. Komisja ma także obawy co do przestrzegania ramowej dyrektywy wodnej. Działania polskich władz na rzecz rozwoju infrastruktury przeciwpowodziowej muszą być zgodne z prawodawstwem UE w zakresie środowiska – zaznacza KE. Ponadto nasz kraj został upomniany w sprawie przestrzegania przepisów o jakości powietrza.
Wezwanie do usunięcia uchybienia zostało wysłane w listopadzie 2012 r., ale od tego czasu wciąż nie podjęto działań naprawczych. Teraz Polska ma dwa miesiące na odpowiedź Komisji. Inaczej sprawa może trafić do Trybunału Sprawiedliwości UE.