Z akt zgromadzonych w Instytucie Pamięci Narodowej wynika, że 58-letni Grudziński został w latach 1983 – 1986 zarejestrowany jako „zabezpieczenie operacyjne” Wydziału I Departamentu I. Pozostawał wówczas także w zainteresowaniu Wydziału IX Biura „B” MSW oraz Oddziału I Zarządu I Szefostwa WSW.
W 1987 r. SB ponownie zarejestrowała Grudzińskiego jako „zabezpieczenie operacyjne” Wydziału I Departamentu II, a rok później – 16 lipca 1988 r. – zmieniono mu kategorię na tajnego współpracownika o pseudonimie Trojanowski. Wiceszef MSZ został wyrejestrowany dopiero z dniem likwidacji SB.
Informacje zawarte w aktach IPN ujawnił portal Niezalezna.pl.Minister spraw zagranicznych Radosław Sikorski powiedział w TVN 24, że Grudziński złożył mu wyjaśnienia i ma jego pełne zaufanie. – Póki co dał dowody swojego patriotyzmu i prawdomówności – podkreślił minister.
Rzecznik MSZ Piotr Paszkowski wyjaśniał, że Grudziński nie podjął współpracy z SB, nie pisał raportów ani opracowań na potrzeby służb. – Służba Bezpieczeństwa podejmowała próbę zwerbowania pana Grudzińskiego, gdy dostał stypendium Fullbrighta, ale po kilku wezwaniach do SB wobec zdecydowanej odmowy współpracy przestano go nękać – tłumaczył portalowi tvp.info Paszkowski. – Po roku 1990 z racji pełnienia funkcji podsekretarza stanu w MSZ i MON wielokrotnie składał oświadczenie o braku takiej współpracy.
Grudziński to ekspert od spraw amerykańskich w PRL – naukowiec w Instytucie Historii Polskiej Akademii Nauk. Na początku lat 90. był dyrektorem generalnym Kancelarii Sejmu, potem sprawował funkcję wiceszefa w MON i MSZ. W latach 2000 – 2005 r. był ambasadorem w Stanach Zjednoczonych.
