Z przepisów prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi wynika, że skargę do wojewódzkiego sądu administracyjnego wnosi się – w przypadku interpretacji podatkowych – w terminie 30 dni od dnia doręczenia odpowiedzi organu na wezwanie do usunięcia naruszenia prawa, a jeżeli organ nie udzielił odpowiedzi na wezwanie, w terminie 60 dni od dnia wniesienia wezwania o usunięcie naruszenia prawa.

Skargę składa się za pośrednictwem organu podatkowego, który wydał interpretację – w praktyce właściwej izby skarbowej.

W niektórych sytuacjach może się zdarzyć, że sąd nie zdąży zająć się skargą podatnika. Izba bowiem, zanim przekaże ją do sądu, zmieni zaskarżoną interpretację, uznając argumenty podatnika.

W praktyce takie przypadki zdarzają się jednak rzadko. Częstsze są takie, w których podatnik wzywa organ podatkowy do usunięcia naruszenia prawa (jest to warunek złożenia skargi na niekorzystną interpretację), lecz organ nie odpowiada. Co wtedy robić?

Przepisy nie mówią, w jakim terminie organ ma na wezwanie odpowiedzieć. Mówią jedynie, że podatnik ma 60 dni na wniesienie skargi. Termin ten trzeba liczyć od dnia wniesienia wniosku o usunięcie naruszenia prawa.