Gdy Ministerstwo Finansów wprowadzało obowiązek miesięcznego raportowania plików JPK, wielu przedsiębiorców nie zdawało sobie sprawy jak rewolucyjna jest to zmiana w polskim systemie wymiany informacji pomiędzy nimi a organami Krajowej Administracji Skarbowej. Zmiana ta wymagała od przedsiębiorców przede wszystkim dostosowania ich systemów finansowo-księgowych do wymagań funkcjonalnych związanych z obowiązkiem raportowania JPK, co – jak się okazało – było procesem czaso- i kosztochłonnym. Poza tym, raportowanie JPK wiązało się z wprowadzeniem wielu nowych obowiązków, które dla przeciętnego przedsiębiorcy stanowiły wyzwanie. W szczególności, podatnicy skarżyli się na liczne wątpliwości merytoryczne oraz wyzwania techniczne, którym zmuszeni byli sprostać w toku prac implementacyjnych.