Przyjęcie odmiennej wykładni doprowadzi do podwójnego opodatkowania przychodu: raz w momencie wymiany i drugi raz w momencie zbycia/umorzenia certyfikatów.
[b]Tak orzekł WSA w Warszawie 31 marca 2009 r. (III SA/Wa 3471/08)[/b].
Spółka zamierza wnieść do funduszu inwestycyjnego zamkniętego papiery wartościowe w zamian za certyfikaty inwestycyjne funduszu. Zwróciła się do organu podatkowego z pytaniem, czy w związku z tym powinna wykazać przychody i koszty podatkowe? Jej zdaniem operacja jest neutralna podatkowo.
Organ podatkowy nie zgodził się z tym. Wskazał, że na skutek objęcia przez spółkę certyfikatów inwestycyjnych w funduszu inwestycyjnym w zamian za wniesienie wpłaty w postaci akcji innych spółek powstanie przychód podatkowy. Moment jego ustalenia jest jednak przesunięty na chwilę zbycia certyfikatów inwestycyjnych.
Interpretacja ta została z urzędu zmieniona przez ministra finansów. Jego zdaniem zbycie papierów wartościowych wnoszonych do funduszu i zbycie tytułów uczestnictwa w funduszu to dwie niezależne od siebie czynności, wywołujące odrębne skutki podatkowe. Przychodem wnoszącego papiery wartościowe do funduszu inwestycyjnego, zgodnie z art. 12 ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT, jest wartość pieniężna nabywanych certyfikatów inwestycyjnych. Natomiast koszt uzyskania przychodu kształtujący dochód ze zbycia papierów wartościowych należy określić na poziomie kosztu nabycia wniesionych papierów wartościowych, za które objęto certyfikaty inwestycyjne (tak art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy).