Sąd stwierdził, że [b]skoro odpadł tytuł do zapłaty, to organ podatkowy I instancji zgodnie z art. 76 [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr;jsessionid=2061172DE548F8F2CDF91A19E95F5613?id=176376]ordynacji podatkowej[/link] winien dokonać z urzędu zaliczenia nadpłaty na poczet zaległych oraz bieżących zobowiązań podatkowych albo dokonać zwrotu podatku w przypadku braku zaległych i bieżących zobowiązań[/b].
Organy podatkowe, prowadząc postępowanie w sprawie zaliczenia nadpłaty, powołały się na art. 77 § 1 pkt 3 i § 3 ordynacji podatkowej. Zgodnie z jego treścią w przypadku uchylenia decyzji, o której mowa w § 1 pkt 1 lit. a-d (miedzy innymi określającej wysokość zobowiązania podatkowego), stwierdzenia jej nieważności, jeżeli następnie w terminie trzech miesięcy od dnia uchylenia lub stwierdzenia nieważności przez organ podatkowy lub od dnia doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego ze stwierdzeniem jego prawomocności uchylającego decyzję lub stwierdzającego jej nieważność zostanie wydana decyzja w tej samej sprawie, nadpłata, którą stanowi różnica między podatkiem wpłaconym a podatkiem wynikającym z tej decyzji, podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania nowej decyzji.
Organ podatkowy przywołał jedynie zapis przepisu. W żaden sposób nie odniósł się jednak do instytucji zwrotu przewidzianej w § 4 tego przepisu, w którym zaznaczono, że w przypadku niewydania nowej decyzji w terminie nadpłata stanowiąca kwotę wpłaconą na podstawie decyzji uchylonej lub decyzji, której nieważność stwierdzono, podlega zwrotowi bez zbędnej zwłoki.
Organ podatkowy w uzasadnieniu zaskarżonych postanowień nie odniósł się do treści tego przepisu i nie wyjaśnił, wskutek jakiego zdarzenia powstała nadpłata, kiedy powstała i czy zaistniały warunki do jej zwrotu. Przesądzenie organu podatkowego o braku zwrotu nadpłaty w ustawowym terminie nie może skutkować automatycznym jej zarachowaniem.
