Zasadą powinno być więc powszechne zawiadamianie kontrolowanych o zamiarze wszczęcia kontroli, a wyjątki od tej zasady powinny wynikać wyłącznie z u.s.d.g. Przykładem jest choćby art. 79 ust. 2, który wyłącza obowiązek zawiadamiania kontrolowanych w sprawach, w których zawiadomienie o kontroli mogłoby przekreślić jej cel. Druga grupa wyjątków dotyczy generalnie rodzajów kontroli wyłączonych spod działania u.s.d.g.
Mimo z pozoru klarownej sytuacji prawnej praktyka budzi liczne kontrowersje. Organy kontroli nie stosują bowiem przepisów o zawiadomieniu o kontroli także w innych sytuacjach niż te, które wynikają z u.s.d.g.
Przykładowo Państwowa Inspekcja Pracy i Straż Graniczna bez zawiadomienia dokonują kontroli legalności wykonywania pracy przez cudzoziemców oraz powierzania wykonywania pracy cudzoziemcom. Twierdzą, że nie jest to kontrola działalności gospodarczej przedsiębiorcy, a więc u.s.d.g. nie ma do nich zastosowania. Argument ten wywodzą ze zmiany tytułu rozdziału 5 u.s.d.g. „Kontrola przedsiębiorcy" na „Kontrola działalności gospodarczej przedsiębiorcy". Oczywiście ustawodawca w uzasadnieniu zmian nawet nie wspomniał o konsekwencjach tej zmiany. Nawet jeżeli wyłączenie tych kontroli spod działania u.s.d.g jest zasadne, to powinno ono wyraźnie z niej wynikać, a nie być przedmiotem interpretacji.
O planowanej kontroli nie zawiadamiają również organy kontroli skarbowej, argumentując, że od wejścia w życie nowelizacji u.s.d.g., tj. od 30 lipca 2010 r., obowiązek ten został wyłączony wprost przez art. 13 ust. 5 ustawy o kontroli skarbowej, stanowiący, że "o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej organ kontroli skarbowej nie zawiadamia kontrolowanego".
Przed 30 lipca 2010 r. organy te również nie zawiadamiały o zamiarze wszczęcia kontroli, bo nie miały takiego obowiązku na gruncie przepisów ordynacji podatkowej. Ten argument trudno jednak uznać za przekonujący, gdyż z przepisów u.s.d.g. nie wynika oczywiście wyjątek dla organów kontroli skarbowej. Wątpliwość dotyczy relacji między art. 13 ust. 5 ustawy o kontroli skarbowej a art. 77 ust. 1 i ust. 2 u.s.d.g., która to norma wprowadza pierwszeństwo stosowania ustawy przed ustawami szczególnymi. Zasada wynikająca z art. 77 u. s. d. g. miała właśnie zapobiec sytuacjom, w których przepisy szczególne, regulujące pragmatykę działania poszczególnych organów kontroli, modyfikowałyby zasady określone w u. s. d. g. Jeżeli prezentowany przez Ministerstwo Finansów pogląd zezwalający na taką modyfikację zyska aprobatę, to w przyszłości nic już nie będzie stało na przeszkodzie, by wyłączyć na podobnej zasadzie np. przepisy o limitach czasowych kontroli. W efekcie postanowienia u.s.d.g. przestaną mieć jakiekolwiek znaczenie.
O zamiarze wszczęcia kontroli nie zawiadamiają też organy celne. Prowadząc tzw. kontrole postimportowe, mające przecież wpływ na wymiar podatku akcyzowego lub VAT, powołują się na wyjątek z art. 79 ust. 2 pkt 1 u.s.d.g., zgodnie z którym zawiadomienia nie dokonuje się, jeżeli kontrola ma zostać przeprowadzona na podstawie bezpośrednio stosowanych przepisów powszechnie obowiązującego prawa wspólnotowego, a takimi są normy wspólnotowego kodeksu celnego. Abstrahując od zasadności powyższej argumentacji, pomija się fakt, że zgodnie z art. 54 ustawy o Służbie Celnej do kontroli tej stosuje się dział VI ordynacji podatkowej, a więc także art. 282b, który również wprowadza obowiązek zawiadomienia o kontroli, a jednocześnie wśród wyjątków zwalniających organ z tego obowiązku nie przewidziano w nim normy analogicznej do art. 79 ust. 2 pkt 1 u.s.d.g. W związku z powyższym organy celne mają obowiązek zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli postimportowej, ale obowiązek ten nie wynika z przepisów u. s. d. g., a z przepisów ordynacji podatkowej.
